立誌成為壹流的神奇寶貝大師，肖智和他的團隊繼續他們的旅程。這壹天，小智和馴獸師的戰鬥結束，他們收到了快龍送來的神秘待客券。優惠券上寫著“妳們是最有前途最有前途的神奇寶貝訓練師。作為最強的神奇寶貝訓練師，我邀請妳參加我的派對。”“最強的神奇寶貝訓練師？”好奇的小智他們不假思索就出發去了新島上的神奇寶貝城！當這群人到達港口時，因為天氣不好，開往新島的船停航了。為了不讓神奇寶貝和他們遭受任何意外，港口管理員博佳堅決不讓大家出航，女警君莎也同意了博佳的意見。
“沒問題！我們有神奇寶貝！”發出聲音的是壹個叫海楠的男孩。他打算乘神奇寶貝渡海，而另外兩位訓練師孔楠和小甜則呼應海楠的做法，乘神奇寶貝渡海。就在小智擔心自己去不了新島的時候，港灣裏出現了壹只小船，船夫扮成維京人答應在小智渡海。正當大家都在海中央的時候，突然壹個大浪打來，露出了操縱小船的船夫的本來面目。什麽？原來是火箭的三個搗蛋鬼！！就在火箭隊要說可愛迷人的臺詞時，小船被大浪掀翻了！肖智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星，讓大家抓住，以免被大浪卷走。至於火箭隊...就像以前壹樣，“好惡心的感覺”。
到達新島後，壹名長相酷似喬伊的女子——神奇寶貝中心的護士——帶領小智壹行來到了神奇寶貝城。海楠、孔楠和小恬確實有
超級夢想的誕生:現在似乎很少有人知道，在超級夢想的反擊之前有壹個被砍掉的10分鐘的內容——超級夢想的誕生，是年輕的超級夢想在誕生之前和夢裏壹個叫蕭艾的女孩經歷的事情。可見年輕的超夢壹直都很純真善良。當時它並不介意只是壹個復制品的事實。後期被仇恨蒙蔽了雙眼，眼神變得殘忍。
(超夢反擊之二):“超夢！我就在這裏
Logia的生日(1999)
小智、小霞、肖劍和皮卡丘壹行來到奧蘭治群島，途中遭遇風暴，將他們吹到了亞洲島。當他們來到這裏時，村民們正在舉行壹個節日。在祭典上，小智從弗洛拉那裏聽到了壹個古老的傳說，“火、雷、冰之神不可擅自觸碰，否則天地之怒將導致世界末日。”這時，壞人為了達到自己的目的，試圖破壞這個古老的傳說。在祭典上，芙羅拉希望小智成為拯救世界的人，但她必須得到三寶，即火之島、雷之島和冰之島。小智在去火燒島的路上遇到了風暴。這時，弗洛拉認為她把肖智帶到了壹個危險的地方，於是弗洛拉、小霞和肖劍決定去找肖智。就在這個時候，火島上的小智和皮卡丘在準備離開的時候遇到了火箭，而就在火箭準備奪取皮卡丘的時候，芙羅拉壹行人正好趕到。當弗洛拉和小智說話的時候，閃電鳥出現在了火島上。當皮卡丘正在用電擊和閃電鳥說話的時候，壞人出現了。它吸收了閃電鳥的能量後，抓住了閃電鳥，還有肖智壹行人。小智等人會怎麽樣？
結晶塔的皇帝(2000)
在壹個叫綠色草原的美麗地方，住著壹個叫小梅的年輕女孩。她的母親在多年前失蹤(片尾曲的動畫裏好像又回來了)，而她的父親是研究未知(未知=未知圖騰)的科學家。後來，小梅的父親在壹間書房裏失蹤了。
孤獨的小美用父親的研究所留下的刻有不知名圖騰的多米諾骨牌拼出了壹個圖形。根據未知的類似英文字母的形狀，可以推斷出她拼出的是:
M
平安險
醫學工程
A
(由於格式原因，百度無法顯示原話。原話是橫向爸爸和我，縱向媽媽。
幾個字交織在壹起，意思是:爸爸媽媽和我在壹起。
誰知多米諾骨牌上封著無名，無名感受到了小美孤獨的心，創造了美麗的水晶塔和顏地來代替父親(小美從父親那裏聽到了關於顏地的傳說，壹直喜歡顏地，因為她覺得顏地和父親壹樣溫柔可靠)。小梅以為父親變成炎帝回來找她。炎帝也把小梅當親生女兒壹樣呵護，滿足了她所有的願望。水晶塔成了小美自己的世界，讓她沈浸在幻想的幸福中。
小智和他的夥伴們在旅途中來到了綠色的草原，但它已經變成了壹個結晶的世界...而小智的母親被炎帝帶走了(小美以為是自己的母親，求炎帝把她帶回來)。
看著小智壹夥的小美，看到他們的神奇寶貝就很羨慕。unknow讓小麗瞬間分裂成人，為了神奇寶貝和小智他們打了起來。認小美為大人的小剛第壹時間和他打起來，小智等人繼續找媽媽。在小剛徹底失敗後，小李追上了小霞，終於找到了她的母親。她的母親已經恢復了知覺。她把真相告訴了小美，希望她醒過來。小美陷入了真善美的抉擇中，痛苦萬分。未知的力量爆發了，炎帝也趕去打小智。
小智的口袋妖怪與炎帝激戰，但在強大的炎帝面前，他顯得束手無策。畢竟炎帝是傳說中的神奇寶貝，守護鳳凰三獸之壹，火山的化身。好在此時為了幫助肖智的噴火龍及時趕到，利用強大的火焰攻擊和飛行能力連續攻擊。小智勸說炎帝讓小梅離開結晶塔:“如果她壹直待在結晶塔裏，也許她會幸福，但她永遠是壹個人！”炎帝實現小梅願望的願望動搖了，但最終炎帝用不知名的神力打敗了噴火龍。就在噴火龍即將被解決的時候，小美終於醒悟過來，阻止了炎帝。在這壹切向大結局發展的同時，無名因為失去了小美的意識而逃跑了！炎帝幫助小梅和小智壹路逃到了無名所在的位置，但是在無名團的精神力量下所有的攻擊都是無效的。最後炎帝決定幫助小美實現她最後的願望——離開結晶塔，舍命出擊。在小美的信任下，炎帝費盡心機終於打亂了unknow的活動，但炎帝漸漸消失在光明中。水晶塔已經恢復原狀，小麗的父母(片尾曲中出現的女子，根據小美見到她後的表現，可以推斷她是小美的母親)也已經回歸，但炎帝的存在和消失是真人還是瞬間的幻覺？我們不知道。
雪拉比穿越時空的經歷(2001)
電影壹開始，場景就設定在40年前的壹片大森林裏。壹個叫小雨的男孩想去森林裏畫畫。在森林裏，小雨遇到了雪拉比，他被神奇寶貝獵人追趕，受了重傷。當他們被神奇寶貝獵人逼得走投無路時，雪拉比在40年後(也就是現代)帶著小雨去了森林，正好小智和他們在那裏，他們救了小雨。小雨把雪拉比的事告訴了小智，小智和他們壹起救了雪拉比，並和他成了好朋友。
與此同時，火箭三大幹部之壹的比西亞斯也在尋找並計劃獵殺希拉。他
比西亞斯有壹個黑暗的球，可以把所有的神奇寶貝變成邪惡，從小就把雪拉比從他們身邊帶走。為了解救被比肖爾俘虜的雪拉比，小智和小羽進行了艱苦的戰鬥。然而，溫和的雪拉比發生了巨大的變化...
激戰中，傳說中的神奇寶貝水軍出現了！
《水之都》的贊助人拉迪亞斯和拉帝歐斯(2002)
傳說從圖書館的小偷開始...
水都，神奇寶貝水上沖浪比賽，雷神試圖幫助小智，但小鋸鱷走錯了方向。小霞以微弱優勢贏得冠軍。亞軍帶著肖誌等人遊覽了水都，講述了這座城市的美麗傳說。
找到了桑蘭和雷歐的火箭隊，決定打敗他們，成為新賊1號。
桑蘭和利奧追捕變成人形大炮的萊蒂阿斯。小智英雄救美，拉提阿斯跑得無影無蹤。
肖誌等人參觀了博物館，看到了真正的佳能。小智上前，被罵了壹頓。小智壹路追趕雪之少女，遇到了變成人形的雪之少女，被帶進了神秘的花園。
小智和大炮還有博物館的爺爺化解了誤會，明白了靈魂水滴的美麗傳說，回去見了小霞和小剛。
桑蘭和利奧，我們走吧！拉帝歐斯被抓去救雷丟斯，他心中的水滴也被帶走了。拉迪亞斯變成人形，跑到小智那裏尋求幫助，在小霞和小剛面前露出了本來面目。
武藏小次郎仍然肩負著跑龍套的重任...
利奧利用了拉帝歐斯的力量和他心中的水珠，開始生氣了。
小霞和小剛被突然出現的鐵柵欄困住，小智和萊提烏斯勇敢地上前擺脫復活的化石神奇寶貝，最終救出了拉帝歐斯。但此時，心臟的水滴即將被古代機器發動的巨大潮汐摧毀這座城市...
生命垂危的拉帝歐斯為了保護水都和他的妹妹而死。
小智等人把心臟的水滴放回原處。
最後在碼頭邊，變身大炮的雷提烏斯(官方解釋)給了小畫，並在小的臉上吻別...
當然桑蘭和裏奧繼續在監獄裏研究他們未來的小偷生涯，武藏小次郎繼續他們未來的跑龍套生涯...
編輯此段落
超級世代系列
基拉祈七夜，許願星(2003)
在千年壹遇的彗星之夜，願望會實現...
立誌成為神奇寶貝大師的小智、梅和蕭聲，帶著皮卡丘開始了新的旅程。為了觀看千年彗星的出現，我來到了Enes遊樂園，遇到了魔術師巴特勒和黛安。在魔術表演中，蕭聲聽到了壹個微妙的呼喚…
那就是基拉祈，在“沈睡之繭”中沈睡了數千年，能夠幫助人類實現願望的神奇寶貝。在千年彗星的夜晚，如果妳遇到壹個心靈純凈的伴侶，妳就會醒來。為了喚醒基拉祈，巴特勒要求蕭聲成為基拉祈的伴侶。果然，基拉祈從萬花筒般的光線中醒來。
雖然基拉祈只能呆很短的七天然後消失，第壹次有了自己的神奇寶貝的小勝利，但是他很愛基拉祈。野心勃勃的魔術師巴特勒知道基拉祈有魔力，就把基拉祈搶走，想利用他來實現自己的願望。
壞管家，他的願望是什麽？肖智和蕭聲如何克服困難，成功營救同伴？蕭聲和基拉祈將面臨怎樣的命運？
破碎的訪客(2004)
年前被烈空坐毀滅的代歐奇希斯，四年後來到科技發達的城市拉盧斯，小智皮卡丘等人也來到了這裏。在那裏，他們遇到了少年小超，因為四年前發生的事情(第歐根尼宇宙的隕落嚇到了小超)，小超不敢接觸神奇寶貝。來到拉盧斯的代歐奇希斯是什麽？特洛伊的心能提起來嗎？
就在他們試圖讓小超克服恐懼的時候，突然，消失了四年的代歐奇希斯又出現了！肖誌壹行和肖超再次經歷了截然不同的驚人經歷和驚心動魄的冒險。在這個極光般的舞臺上，烈空坐和提奧奇尼斯再次全力以赴，可以說是百分百的進取！烈空坐和代歐奇希斯之間的戰爭會是什麽？代歐奇希斯這次回來想要什麽？最後會發生什麽意想不到的危機？
《夢想和波導的勇敢者》2005
遠行的小智和皮卡丘，來到了流傳著“鳥的傳說”的小鎮:歐魯德朗城。在市中心，為幾百年前的“波導勇者阿郎”舉行了儀式。小智和皮卡丘決定參加今年的勇鬥。經過激烈的戰鬥，獲得冠軍的肖誌被推選為當年的“勇敢波導”。城裏舉行了盛大的宴會來慶祝獲勝者。突然幻想的神奇寶貝夢出現了。然而，夢想隨著皮卡丘消失了。與此同時，幾百年前盧卡裏歐的封印被打破，他出現在了小智面前！皮卡丘在哪裏？夢的目的是什麽？還有，Lucario裏面隱藏的過去的秘密和波導的傳說是什麽？帶著所有的謎團，肖智和盧卡裏歐開始了向著“世界初始之樹”的冒險。
海洋王子馬納菲(2006年)
在這個世界的某個地方，壹個傳奇的神奇寶貝即將誕生。以浩瀚的海洋為舞臺，神奇寶貝史上最大的任務即將開始！在荒地迷路的小智壹行，遇到了以水中神奇寶貝表演聞名的碼頭旅行團明星女“廣美”。
廣美是水之族人的後代，能夠理解水系神奇寶貝的內心。肖智和其他人聽廣美講述了壹個關於水的人民的古老傳說。原來在海洋的某個地方，水族建造了“海洋之廟——雅庫夏”，裏面供奉著隱藏的寶藏“海之皇冠”。
但是目前據說還沒有人見過這頂皇冠的實物外觀。這時，正在追尋傳說奧秘的神奇寶貝幫手“傑克·沃克”出現了。原來，傑姬正在執行壹項秘密任務，那就是將滄海王子馬納菲的蛋安全送到神廟。於是廣美和肖智等人也協助完成了這項任務。突然！壹艘來自海盜船長，被稱為“歌劇魅影”的大型潛水船出現了。原來，魅影想要奪取王冠，計劃憑借王冠的力量征服世界。但要解開皇冠隱藏的謎團，似乎還是需要馬納菲的彩蛋。這個時候連火箭都想過來分壹杯羹，引起了極大的混亂！
為了抵抗幻影的劇情，成龍開始借用很多帶陷阱的神奇寶貝的力量，小智等人也拿出了自己的神奇寶貝準備戰鬥。但畢竟對方的高科技潛水艦太強大了，壹下子就危機四伏！神秘的彩蛋此時光芒萬丈，馬納菲終於誕生了！皇冠寶藏裏藏著什麽秘密？而Manafi的神秘力量是什麽？最後，成龍和小智的任務能圓滿成功嗎？！現在，準備去面對海之神殿雅庫夏，見證這場奇妙的冒險吧！
編輯此段落
鉆石和珍珠
帝牙盧卡對帕路奇犽對達克萊伊(2007年)
為了參加接下來的神奇寶貝華麗大賽，小智壹行來到了阿拉莫，在這裏他們遇到了壹個可愛的女孩，名叫愛麗絲。愛麗絲帶他們參觀了小鎮的標誌性建築——時空之塔和水樹相映的美麗花園。外出觀光的肖誌壹行，正巧遇到了花園被不明生物襲擊的事件。托尼奧男爵(Baron Tonio)，這個小鎮上的壹個有權有勢的人，也出現在那裏。他堅持認為這是傳說中的神奇寶貝達克萊伊的作品。不久，達克萊伊突然從壹個可怕的幻影中出現在肖智等人面前。
不為人知的神奇寶貝-達克萊伊，它從何而來？就在這時，帕路奇犽和帝牙盧卡之間的戰鬥在時空的裂縫中展開了。強大的力量相互碰撞，將空間撕裂。而且，從裂縫中剛好可以看到阿拉莫的位置。在與帝牙盧卡的戰鬥中受傷的帕路奇犽逃到了這個城鎮。然而，達克萊伊，感覺到帕路奇犽的存在，立即攻擊它。這時，繼帕路奇犽之後而來的帝牙盧卡也出現在阿拉莫。當兩個被稱為神的神奇寶貝遇上達克利，震撼時空史上最強的戰鬥開始了。
立竿見影的強大沖擊讓阿拉莫岌岌可危，很快面臨崩潰的危機。《古迪日記》中記載的預言即將成真。
肖智等人能解除這場危機嗎？因此，達克萊伊是敵人還是盟友？！Ola Sion是什麽？！
騎拉丁和潔咪的冰束(2008)
“逆世界”是存在於這個世界內部的壹個鏡子般的不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是騎拉丁的特殊空間。然而，帝牙盧卡和帕路奇犽之間的戰鬥造成了時間和空間的扭曲，“反向世界”完全籠罩在黑暗之中。瑞迪納被自己世界的汙染激怒了，他找到了帝牙盧卡，並試圖把他拖進反向世界。
在“現實世界”中，壹個幾乎看不見的小精靈出現在繼續旅行的小智和皮卡丘面前。它被稱為“花的魅力”，感謝神奇寶貝潔咪。卷入帝牙盧卡和螯合蒂娜之戰的潔咪，在關鍵時刻逃離了逆向世界。小智壹行人把筋疲力盡的潔咪帶到了神奇寶貝中心。潔咪用心靈感應把小智壹行帶到了它的“Gracetia花田”，並告訴他們在這朵“Gracetia花”裏隱藏著壹個巨大的秘密。正要離開神奇寶貝中心的小智和其他人遇到了前來抓捕潔咪的火箭。與此同時，壹個“次元漩渦”出現在神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡子上，將火箭、潔咪和肖智壹行帶到了反向世界。
從次元漩渦裏鉆出來的肖智壹行人四處張望。壹排排建築倒掛著，空中到處飄著烏雲，這是壹個巨大而不可思議的世界反轉。
就在這時，騎著拉蒂納突然出現，襲擊了傑米。小智等人正要和騎拉丁對峙，卻有聲音阻止。說話的人是壹位名叫穆宣恩·蘭度的學者。他告訴小智和其他人不要讓螯合蒂娜生氣。
正當小智壹行人在木軒格蕾絲·蘭多的幫助下回到現實世界的時候，傑羅姆出現了，他是壹個神秘的年輕人，試圖騎著拉蒂納的力量，駕駛著高科技載體“百萬之力”稱霸世界。肖智和他的夥伴們繼續和潔咪壹起在花園裏探險，但沒能逃脫傑拉爾德的追蹤。
史無前例的冒險高潮，等待妳的是超乎想象的“美麗奇跡”！
阿爾·宙斯·超科的時空(2009)
肖誌壹行繼續行程，來到了江邊城市米奇納，這裏自然風光豐富。這座城市裏有幾千年前的寺廟遺址，肖誌壹行人正在前往巨石山上的遺址。巖石山頂有壹個巨大的湖，廢墟就建在湖邊。肖誌壹行被美麗的湖水陶醉了。然而，湖水突然暴漲，水面上形成壹股龍卷風，向肖智壹行逼近。快要被龍卷風卷起來的時候，突然壹個女人陪著“帝牙盧卡，求妳了！”聲音出現了。下壹刻，空間裂開了，帝牙盧卡的身影出現了...這個女人的名字叫阿信，是廢墟的守護者。據說她有和神奇寶貝聯系的能力。阿信將肖誌壹行引入廢墟，用時空儀逐壹介紹了帝牙盧卡、帕路奇犽和螯合蒂娜的空間，然後開始講解米奇納鎮的古老傳說……
這壹切都始於壹個故事，在古代，據說創造萬物的魔法嬰兒阿爾·宙斯為了拯救許多魔法嬰兒而撞上了壹塊隕石...
壹改之前的風格，本片的背景轉換為希臘的衛城，古老而滄桑的建築壹定會給妳耳目壹新的感覺。最有趣的神奇寶貝是阿爾宙斯，被譽為神奇寶貝中的“眾神之神”，其強大的能力不可估量。然後是《諸神之戰》，和之前所有作品都有“跨世紀”的變化。前兩部電影中描述的神獸形象在這個三部曲的最後壹章中大放異彩。人物的設計也有了和以前截然不同的風格。這次會為我們上演怎樣的戲碼？
索羅亞，幻影霸王(2010)
在壹年壹度的神奇寶貝劇場版面前也是難以匹敵的(請看記錄:日本歷代動畫電影動畫票房前十是在2007年發布的)。作為系列第13號炸彈作品，神奇寶貝劇場版《幻影霸王索羅亞克》自2010年7月起在日本東寶部全新上架。
本片將以第五代神奇寶貝的勇敢姿態作為本片的賣點。本片於2065年7月10日在日本新東寶部隆重上映！