政府事務的綜合協調；負責重要文件起草、重要會議組織、政務信息、督查、報文處理、文秘事務、科技宣傳、文件檔案管理、保密、信訪、機關信息化等工作；牽頭組織代表建議和CPPCC委員提案；負責機關規章制度的制定和實施以及機關實物資產和行政後勤的管理；協調和指導區縣科技工作和直屬單位的日常行政事務；負責科技擁軍和市國防動員委員會科技動員辦公室的日常工作。
辦公室負責人:劉啟祥
(2)政策法規司(綜合改革協調司)
擬定全市科技發展和南京科技體制綜合改革試點城市建設的政策措施、總體規劃和專項規劃；負責統籌科技體制綜合改革中的政策實施、聯絡協調等日常工作；起草相關地方性法規草案；負責管理全市軟科學研究；牽頭組織調研工作；指導和協調科技興縣(區)工作；牽頭科普工作，承擔市科普工作聯席會議辦公室的具體工作；負責依法行政。
辦公室負責人:曾軒
(3)計劃財務室
組織制定全市科技發展規劃和年度計劃；制定構建科技投融資體系、增加科技投入的政策措施；負責編制歸口管理的全市科技經費預算和決算，並對經費的使用和管理進行監督檢查；負責制定科技經費的財務管理制度；負責機關財務管理，編制機關及直屬事業單位基建計劃；牽頭組織對口幫扶城市科技合作交流；負責科技統計的監測和分析。
辦公室負責人:李偉
(4)科技條件與服務部門
擬訂全市科技基礎設施建設的規劃和政策；編制並組織實施科技基礎條件平臺建設規劃和科技服務業發展規劃；負責市級工程技術研究中心、科技公共服務平臺和院士工作站的建立、管理和驗收；制定促進技術市場發展的政策，指導技術合同的認定和登記工作；負責安排市級科研院所的科研經費；負責實驗動物的管理；負責科技社團和科技類民辦非企業單位登記前的審核。
辦公室負責人:趙南
(5)高技術開發和產業化司
擬訂全市高新技術發展和產業化的政策、措施和建議；負責產業技術創新戰略聯盟的建設；承擔國家高新技術產業開發區的相關工作；組織實施國家、省、市高技術產業火炬計劃、重大科技支撐計劃、科技發展計劃和技術創新基金項目；負責組織、協調、推薦和管理國家級和省級高新技術企業、創新型企業、高新技術產品和重點新產品；負責孵化器的管理和業務指導；會同* * *有關部門組織創新型企業、自主創新產品認定工作；組織實施高新技術改造提升傳統產業的重大示範工程；民營科技工作的歸口管理。
辦公室負責人:姜
(6)科技成果與產學研合作部(綜合改革推進部)
負責制定南京市科技體制綜合改革試點城市建設年度工作計劃，分解任務指標，指導協調重點事項推進，檢查年度計劃和任務完成情況；制定全市科技創新、產學研合作和科技成果轉化的發展規劃和政策，協助有關部門制定科技人才隊伍建設規劃；組織實施省市重大科技成果轉化計劃和科技人員創新創業計劃；負責產學研重大合作項目和載體的組織實施；組織開展產學研合作展示、洽談等國內科技合作與交流；負責國內高校、科研院所和地方科技合作的組織、協調和服務；組織推進創新平臺建設；制定科技成果的登記、評估、鑒定、保密、推廣和出口國家秘密技術的管理辦法並組織實施；負責全市科學技術獎勵工作。
辦公室負責人:懷瑾
(7)城鄉科技發展司
制定並實施全市農村和社會發展科技進步的規劃、政策和措施；統籌城鄉科技發展，引導農業、社會事業和涉農產業的科技進步；編制並組織實施社會事業科技進步專項規劃；組織實施涉及資源環境、節能減排、醫療衛生、公共安全和可持續發展綜合實驗區的社會發展科技試點和示範工作；編制並組織實施市級農業科技研發和產業化計劃；負責全市科教興農工作的組織、協調、監督和檢查；組織實施農村重大科技項目和星火計劃項目；負責先進適用技術在農村的推廣和科技試驗示範；指導農業科技載體和農村科技服務體系建設；組織協調科技推廣工作。
辦公室負責人:李奇
(8)國際科技合作辦公室
擬訂國際科技合作與交流的相關政策和措施；編制並組織實施全市國際科技合作和對外交流計劃；組織開展全市國際技術轉移工作和南京國際科技顧問的聘任管理；開展涉及港澳臺的科技合作與交流；承辦對外科技合作與交流中有關團體和人員出國考察的評審工作；協助本市因公出國人員的會審。
辦公室負責人:陳宜生
(9)知識產權綜合管理辦公室
起草全市知識產權地方性法規；制定並組織實施全市知識產權發展規劃和計劃；指導企事業單位的知識產權工作；負責全市知識產權人才的培養和宣傳；組織重大專利技術的實施、應用和產業化；負責全市專利產業化基地的認定和管理；負責全市優秀專利獎的評審工作；管理全市專利信息網絡；歸口管理全市專利展示交易、無形資產評估、專利申請資助；負責全市專利統計和分析；負責對全市專利中介機構的業務指導；負責知識產權局會議的日常工作。
辦公室負責人:柯樊菲
(10)知識產權行政執法處
編制全市專利行政執法規劃和計劃；負責全市專利行政執法工作；負責處理全市涉外專利案件，協調全市涉外知識產權事務；組織開展本市重點領域、重點行業、重大專項的知識產權保護和重大經濟活動中的知識產權審查；負責大型展會知識產權的監管、咨詢和保護；負責全市知識產權法律援助的指導和歸口管理。
辦公室負責人:付建
(十壹)人事部門(離退休幹部)
負責機關及直屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資、人事檔案管理、幹部培訓和出國人員的審查；承擔設在本委員會的工程技術和自然科學研究系列專業技術職務評委會的評審和組織工作；負責系統安全工作。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
辦公室負責人:牟
(十二)機關黨委
負責機關及直屬單位黨群工作。
辦公室負責人:邵
(十三)派駐監察室
監察室是市紀委、市監察局派駐的履行紀檢監察職能的機構。
辦公室負責人:肖偉