機關黨委。負責機關及所屬事業單位黨群工作；機關黨委下設辦公室(正廳級)承擔具體工作。
退休人員辦公室。負責機關事業單位退休人員管理工作，指導下屬機關和區縣(自治縣)食品藥品監督管理分局退休人員管理工作。
重慶市藥品監督稽查總隊直屬單位
重慶市藥品監督檢查總隊的宗旨是為人民健康提供藥品監督檢查保障。主要職責是:依據有關法律法規，對藥品、醫療器械的研究、生產、經營、使用單位的藥品、醫療器械質量進行監督檢查；受理違法違規案件的舉報，提出違法行為處理意見，執行美國食品藥品監督管理局的處罰決定；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
重慶藥品技術評價認證中心
重慶藥品技術審評認證中心的宗旨是開展藥品技術審評認證，提高藥品質量。主要職責是:依法開展藥物研究、生產、經營等相關規範和規程的技術認證和審評工作；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
重慶市藥品不良反應監測中心
重慶市藥品不良反應監測中心(重慶市藥物濫用監測與研究中心)的宗旨是為藥品不良反應提供監測保障，以確保人類用藥的安全性和有效性。主要職責是:收集、管理和報告藥品不良反應數據，並與其進行監測、交流和合作；研究藥物不良反應監測方法，開展藥物濫用監測和研究；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
重慶醫療器械質量檢驗中心
重慶醫療器械質檢中心的宗旨是為確保醫療器械質量提供檢驗保障。主要職責是:授權範圍內的醫療器械質量監督檢查、醫療器械質量仲裁檢驗鑒定、醫療器械產品質量生產許可證檢驗、相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
重慶市藥品檢驗所
重慶市藥品檢驗所的宗旨是為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是:授權範圍內的藥品和藥包材質量監督檢驗、藥品質量仲裁檢驗和鑒定、藥品質量生產許可證檢驗、相關委托檢驗；藥物檢測方法和標準手段的研究；協調和指導藥品檢驗技術監督工作；收集、整理、綜合上報和反饋藥品質量信息和分析報告；相關咨詢服務；承擔上級交辦的其他任務。
重慶醫學科技學校
重慶醫學科技學校(重慶美國食品藥品監督管理局教育培訓中心)的宗旨是培養醫學技術人員，促進醫學發展。主要職責是:藥學專業中專學歷，承擔全市食品藥品監督管理系統人員的教育培訓，受委托開展相關技術和業務培訓，承擔市美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
中國藥學雜誌社
《中國藥學》雜誌的宗旨是發表醫學文章，促進醫學發展。主要職責是:編輯、出版、發行《中國醫藥》雜誌、廣告及相關服務。
萬州藥品檢驗所
重慶市萬州區藥品檢驗所的宗旨是為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是:轄區內授權範圍內的藥品質量監督檢查、藥品質量仲裁檢驗鑒定、藥品質量生產許可證檢查、相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
涪陵藥品檢驗所
重慶涪陵藥品檢驗所的宗旨是為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是:轄區內授權範圍內的藥品質量監督檢查、藥品質量仲裁檢驗鑒定、藥品質量生產許可證檢查、相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
永川藥品檢驗所
重慶永川藥品檢驗所的宗旨是為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是:轄區內授權範圍內的藥品質量監督檢查、藥品質量仲裁檢驗鑒定、藥品質量生產許可證檢查、相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
潛江市藥品檢驗所
重慶黔江藥品檢驗所的宗旨是為保證藥品質量提供檢驗保障。主要職責是:轄區內授權範圍內的藥品質量監督檢查、藥品質量仲裁檢驗鑒定、藥品質量生產許可證檢查、相關委托檢驗；相關咨詢服務；承辦美國食品藥品監督管理局交辦的其他工作。
領導信息
董事、黨委書記陳蓉
馬林，副局長、黨組成員
副局長、黨組成員盧發奇
史春雨，副局長、黨組成員。
副局長、黨組成員李羅
市紀委駐市紀檢組組長、黨組成員趙勇。
熊德華副巡視員
工作動態
為深入宣傳貫徹藥品管理法律法規，全面提高藥品從業人員專業技能水平，促進醫藥行業健康發展，2065438年7月16日至7月17日，石柱分局與市局培訓中心聯合開展了2013年度藥品從業人員技能培訓。
在培訓開班儀式上，分局副局長羅誌勇強調，此次培訓旨在進壹步提高從業人員的專業技能，規範藥品經營行為，要求參訓人員高度重視，珍惜機會，努力學習。
本次培訓涉及全縣藥品零售企業藥學從業人員90余人，內容包括藥事管理與法規、藥學綜合知識與技能、常見病防治、藥品法律法規、藥品商品銷售等。培訓結束後，組織閉卷理論考試和技能鑒定。
通過此次培訓，有效解決了我縣藥學從業人員專業知識缺乏、專業技能薄弱、崗位不合格等問題。在為社會培養實用技術人才的同時，提高了我縣藥品管理水平，有效降低了藥品安全風險，確保了人民群眾用藥安全有效。