應交稅費是指根據稅法規定，企業應繳納的各種稅費。結合物流企業的特點，下面主要介紹營業稅、城市維護建設稅等相關稅種的核算方法。
為了全面反映和監督企業應交稅費的計算和繳納情況，物流企業應設置“應交稅費”科目，並按稅種設置明細科目。賬戶貸方應登記各種應交稅費；借款人登記繳納的各種稅費；期末，貸方余額表示物流企業未繳納的稅款，借方余額表示多繳或預定的稅款。需要註意的是，物流企業應繳納的印花稅、耕地占用稅、車輛購置稅不需要通過本科目核算。
壹、營業稅的管理和核算
營業稅，是指在中國境內從事交通運輸、建築施工、金融保險、郵電通信、文化體育、娛樂和服務業以及轉讓無形資產、銷售不動產的單位和個人計算應納稅額的壹種流轉稅。計算公式如下:
應納營業稅=營業額x營業稅稅率
營業額是指納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產向對方收取的全部價款和價外費用。價外收費包括手續費、基金、代收費、代收基金、預付資金以及其他各種性質的價外收費。從事聯運業務的運輸物流企業的營業額為實際營業額。物流企業營業額的確定方法是:
(1)物流企業在境內從事運輸配送勞務的，以實際勞務收入為營業額。
(二)貨物從中華人民共和國境內運輸出境，由境外其他企業運輸的，以全部運費減去支付給承運企業的運費後的余額為營業額。
(三)從事聯運業務的，以企業實際營業額為計稅依據。聯運是指由兩個以上的企業將貨物從交貨地點運輸到到達地點。聯運的特點是壹次購買，壹次收費，壹票到底。
以上業務均按3%征收
營業稅按5%的稅率征收。物流企業從事貨運代理業務的，按業務收入扣除委托運費後的凈額的5%征收營業稅。
營業稅的納稅期限分別為5天、10天、15天或壹個月。納稅人的具體納稅期限，由主管稅務機關根據納稅人應納稅額確定。無法按照固定期限納稅的，可以分期繳納。
按月分期繳納稅款的納稅人，自期滿之日起10日內申報納稅；以10或15日為第壹期繳納稅款的，自到期日起5日內預繳稅款，次月1日起10日內申報納稅。
為了計算應交營業稅及其繳納額，應在應交稅金科目下設置應交營業稅明細科目。貸方應登記應交營業稅，借方應登記已交營業稅，期末貸方余額為未交營業稅。
物流企業應繳納營業稅的會計處理可以如下:
(1)物流企業根據營業額和適用稅率計算應繳納的營業稅時，應借記“主營業務稅金及附加”科目；出售無形資產應繳納的營業稅，借記“其他業務支出”科目；出售房地產應繳納的營業稅，借記“固定資產清算”科目。同時，根據實際應繳納的營業稅金額，貸記“應交稅金——應交營業稅”科目。
(2)實際支付時，根據應繳納的營業稅金額，借記“應交稅金——應交營業稅”科目，貸記“銀行存款”科目。
二、城市維護建設稅
城市維護建設稅是國家為了加強城鎮的維護和建設，穩定城鄉建設的資金來源，對有生產經營收入的單位和個人征收的壹種稅。是以增值稅、消費稅、營業稅為基礎的稅種。納稅人是繳納增值稅、消費稅、營業稅的單位和個人，稅率因地而異。
1%-7%.公式是:
應納稅額I(應交增值稅+應交消費稅+應交營業稅)x適用稅率
城市維護建設稅的納稅期限由主管稅務機關根據納稅人應納稅額確定，最長不超過1個月。
為了計算應繳納和實際繳納的城市維護建設稅，企業應設置“應交稅金——應交城市維護建設稅”科目，貸方應登記應繳納的城市維護建設稅，借方應登記已繳納的城市維護建設稅，期末貸方余額為未繳納的城市維護建設稅。計算應交城市維護建設稅時，借記“主營業務稅金及附加”、“其他業務支出”科目，貸記“應交稅金——應交城市維護建設稅”科目；實際支付時，借記“應交稅金——應交城市維護建設稅”科目，貸記“銀行存款”科目。
三、其他應交稅費的核算
除營業稅、企業所得稅、城市維護建設稅以外的物流企業應繳納的稅收包括房產稅、土地使用稅、車船使用稅、代扣代繳個人所得稅等。物流企業上述應交稅費在“應交稅費”總賬下核算，並按稅種設置明細科目。
(1)企業按規定計算繳納的房產稅、土地使用稅和車船使用稅，借記“管理費”科目；貸記“應交稅費——應交房產稅(土地使用稅、車船使用稅)”科目。
(2)企業按規定繳納的印花稅，借記“管理費用”或“待攤費用”科目，貸記“銀行存款”科目。
(三)企業計算按規定應代扣代繳的職工個人所得稅，借記“應付工資”科目，貸記“應交稅金——應交個人所得稅”科目。
實際支付應納稅款時，借記根據明細科目設置的“應納稅款”科目，貸記“銀行存款”科目。