申報時間
根據工作指引，本市高新技術企業申報認定時間為3月1日至9月20日。
二
申報條件
申請高新技術企業認定的企業必須符合《高新技術企業認定管理辦法》第十壹條規定的高新技術企業認定條件。
申請高新技術企業證書更名的企業，可按照《工作指引》的相關要求辦理更名手續。
整體遷入上海的經外省市認定的高新技術企業，可根據工作指南的相關要求，在有效期內申請換發本市高新技術企業證書。
三
申報程序
1
高新技術企業認定
本市高新技術企業認定工作采取“國家高新技術企業認定管理網”()先註冊、市政府“壹網辦”平臺()網上提交材料、受理點接受形式審查、網上專家評審、認定公示後提交書面材料的方式進行。
1，企業自評
企業根據上述條件進行自我評價。
2.登記
經自評符合要求的企業，應根據以下不同情況開展相關工作:
2.1.2008年以來從未註冊的企業，登錄“全國高新技術企業認定管理工作網”()，按要求填寫《企業登記表》(工作指南1)，通過網絡系統提交。
2.2.自2008年起在“國家高新技術企業認定管理工作網”()註冊的企業，可直接在市政府“壹網通辦”平臺()上申請。有效期內高新技術企業名稱變更的，應在“全國高新技術企業認定管理網”()上提交高新技術企業名稱變更申請，經市認定辦受理、數據同步後，可重新認定(具體程序見3.2高新技術企業名稱變更申請程序)。
3.在線提交材料
參加高新技術企業認定的申請人應當統壹填寫高新技術企業認定申請表。填表:在市政府“壹網通辦”平臺輸入“按部門()-->；“上海市科學技術委員會”->；“高新技術企業認定”->；“立即處理”->；“認定”，使用u盤(u盤中的信息)(u盤保持最新)登錄並填寫高新技術企業認定申請書，通過網絡系統提交以下申請材料:
3.1.高新技術企業認定申請書(網上提交、打印、法定代表人簽字、加蓋企業公章、彩色掃描上傳至其他證明材料)；
3.2、知識產權相關材料
知識產權證書(授權發明專利、實用新型、外觀設計、軟件著作權、集成電路布圖設計、植物新品種申報制度可直接認定，企業無需上傳證書；新藥證書等知識產權需上傳相關證書或授權通知及付款收據)及反映技術水平的證明材料，參與標準制定；
科研項目立項證明(已驗收或結題的項目需提供驗收或結題報告)；
研發組織與管理(總體情況和四項指標的具體說明)等相關材料；
3.3、企業高新技術產品(服務)關鍵技術和技術指標的具體說明，相關生產批文、認證證書和資質證書，產品質量檢驗報告等材料；
3.4.企業最近三個會計年度(實際使用年限不足三年的，下同)研究開發費用的說明材料，最近壹個會計年度高新技術產品(服務)收入的專項審計或驗證報告，符合本工作指引相關條件的合格中介機構出具的研究開發活動、研究開發費用核算及輔助核算賬目；
3.5.財務會計報告(包括會計報表、會計報表附註等。)經有資質的中介機構核實的企業最近三個會計年度的財務狀況；
3.6.最近三個會計年度的企業所得稅年度納稅申報表(包括主表和附表)。
對於涉密企業，應對認定高新技術企業的申請材料進行解密，確保涉密信息安全。
企業嚴格按照以下標準(相關信息可參考其行業協會的公開信息)，選擇會計師事務所或稅務師事務所等中介機構對高新技術產品(及服務)的研發費用和收入進行專項審計。
(1)具有獨立執業資格，成立三年以上，最近三年無不良記錄。
(2)當年承擔認證工作的註冊會計師或稅務師人數占年平均月從業人數的比例不低於30%，且年平均月從業人數在20人以上。
(3)相關人員應具有良好的職業道德，了解國家科技、經濟和產業政策，熟悉高新技術企業認定的相關要求。
符合上述條件並為本市企業出具相關專項審計報告的會計師事務所、稅務師事務所等，在提交專項審計報告的同時，應提交中國營業執照(復印件)、執業證書復印件、全年平均從業人數、註冊會計師人數等相關證明材料，並在申請表中填寫審計師證號等信息。
4.驗收和審查
申請人網上正式提交後，可由各受理點受理(具體聯系方式見1)，經審核確認申請材料齊全、真實後，即可完成網上受理工作；高級別審核機構受理申請材料後，將企業申請材料按技術領域進行分類，並組織相關專家進行網上評審。
5.確認和備案
專家評審結束後，高壹級審核機構結合專家組的評審意見，對申請企業的申報材料進行全面審核(視情況對部分企業進行實地核查)並提出初步審核意見。
審核意見由上級審核機構報市認證辦備案。對符合條件的申請人，上海市高新技術企業認定指導小組審定後予以公示，並報國家高新技術企業認定領導小組辦公室正式備案。
6.公告
經認定並上報備案的企業名單在“上海科技”和“高新技術企業認定管理網”公示10個工作日。公示無異議的，經備案並經國家高新技術企業認定領導小組辦公室批準後，由市認定指導小組公布高新技術企業名單，並向通過的企業頒發統壹印制的《高新技術企業證書》(加蓋市科委、市財政局、市稅務局印章)， 且認定時間以國家公示時間為準，通過的企業名單將在上海科技網和高新技術企業認定管理網上公布。
對公示有異議的企業須以書面形式向上壹級審核機構提出復核，由高壹級審核機構和市評審辦共同組織核實處理工作。
7.離線提交書面材料
在核準企業文件公布後10個工作日內，將高新技術企業認定申請書及相關書籍裝訂成冊(電子文本與書面文本壹致)並向受理點提交完整的書面申請材料。
8.事後監督
市認定辦公室根據《高新技術企業認定管理辦法》，會同審計機構按壹定比例對高新技術企業進行抽查和專項檢查。
2
高新技術企業更名申請程序
企業登錄“國家高新技術企業認定管理網”()申請更名，僅變更名稱，不涉及重大變更，且符合高新技術企業認定條件的，認定辦在“上海科技網”上公示10個工作日，無異議的，認定辦將換發相同編號和有效期的認定證書。
三
高新技術企業整體搬遷的申請程序已經確定。
1，其他省市已認定高新技術企業整體搬遷至上海申請置換。
外地遷入的高新技術企業在取得本市市場監管部門核發的營業執照後，登錄“全國高新技術企業認定管理網”()，提交有效期內的高新技術企業證書和本市工商登記管理機關出具的相關證明材料，完成整體遷移，認定辦將向企業頒發新的高新技術企業證書， 其高新技術企業資格和高新技術企業證書繼續有效，編號和有效期不變。
2、本市已認定的高新技術企業轉移申請書。
企業在申報系統(/stcsm/userLogin.jsp)中提交區域遷移申請，說明申請變更原因，並上傳可證明稅款已轉入該區域的PDF文件，經移民區域(園區)受理點審核通過後，完成移民操作。不鼓勵虛擬註冊單位為了獲得補貼而遷移。