1985年，美國在澳新美聯合軍演後兩次提出派軍艦訪問新西蘭，但沒有按新方要求說明艦艇是否有核裝置，新方拒絕了美艦訪問新西蘭的新要求。對此，美國取消了原定在澳大利亞舉行的聯合軍演和澳新美理事會年會。
1986年8月，以國務卿舒爾茨和外長海登為首的美澳高級官員在三藩市召開ANZ-美國理事會年會，沒有邀請新西蘭外長出席。會後發表的聯合公報宣布，由於禁止核艦船入港的新政策違反了澳新美安全條約，美國“將根據條約暫停承擔新的安全責任”。
1987年6月，新議會通過《新西蘭無核區、裁軍和軍備控制法案》，禁止核設備和核動力軍艦進入新港。美國隨後將新加坡從盟友降級為“友好國家”，並暫停與新加坡的所有防務合作和高層交流。從此澳新美同盟名存實亡，澳美部長級會議取代了澳新美理事會。
65438日至0990日，澳大利亞和美國在華盛頓舉行了年度例行部長級磋商。會後發表的聯合公報強調了澳美國防和安全合作。美國支持澳大利亞基於與以色列聯盟的自力更生的國防政策，並鼓勵澳大利亞繼續承擔其盟友的責任。澳大利亞希望美國保持在亞太地區的軍事存在。雙方對新加坡繼續阻撓恢復澳新美條約表示遺憾。
在1992、1994和1995年，澳大利亞和美國舉行了三次部長級年度磋商，都被排除在外。
1996年7月，美國國務卿克裏斯托弗和國防部長佩裏在悉尼舉行了自1985年新西蘭被暫停安理會成員資格以來的第10次美澳部長級會議。會後發表了《悉尼聯合安全宣言》，更新了45年前的澳新美條約，強調澳美加強防務安全合作。165438+10月，美國總統克林頓訪問澳大利亞，澳美關系進壹步加強。
1998年8月，澳美部長級會議在悉尼聲明的基礎上，就增加澳大利亞從美國的國防采購達成了壹系列具體協議。1999 165438+10月澳大利亞和美國在華盛頓舉行年度部長級磋商，決定采取具體步驟提高兩軍協同作戰能力。
2000年7月，美國國防部長科恩訪問澳大利亞，美澳決定加強軍事技術合作。2001年7月，澳大利亞在澳美部長級會議上提出建立美、澳、日非正式安全對話機制。“9·11”事件後，澳洲啟動“條約”支持並參與美國對塔利班的軍事打擊。2006年9月5438+0和2002年2月，澳大利亞總理霍華德兩次訪美。新西蘭通過反核法案後，進壹步加強了與澳大利亞的防務關系。1989年，新澳大利亞簽署了聯合建造12型護衛艦的協議，並新同意購買兩艘澳制護衛艦。兩國的軍事合作日益密切。《澳大利亞-新西蘭-美國條約》的壹些活動在澳大利亞和美國以及澳大利亞和新西蘭的雙邊關系中得到保留。
新西蘭國家黨10月上臺後，試圖修復與美國的關系。1991 9月，新總理博爾格在出席聯合國大會期間與美國總統布什取得聯系。美國宣布拆除海面核武器後，成立了專門小組對核動力艦艇的安全性進行調查，並於1992 65438+2月得出結論，美英核動力艦艇訪問新西蘭是安全的。在6月5438+0993、6月5438+01、6月5438+0994、6月5438+01亞太經合組織領導人非正式會議期間，博爾格總理兩次會見克林頓總統，就中美新型關系交換了意見。1994年2月，美國宣布與新西蘭恢復高層政治軍事交流。隨後，美軍太平洋總部司令拉森、助理國務卿洛德、副國務卿塔爾博特相繼訪問新西蘭，新國防軍總參謀長蒂格訪美。1995年初，博爾格總理對美國進行正式訪問，實現了兩國政治關系正常化。與此同時，新西蘭與美國的雙邊軍事交流和多邊軍事合作得到進壹步恢復:美國空軍部長維德納爾、太平洋聯合司令部司令瑪吉相繼訪問新西蘭，新西蘭國防部長漢斯萊訪問美國。新的軍艦和軍用飛機被邀請到夏威夷參加太平洋戰爭結束50周年紀念活動，期間兩國國防部長進行了會晤。美國還邀請新軍艦壹起在波斯灣巡航。美國國防部副部長拉達爾(Ladar)在1996年7月澳美部長級會議後赴新西蘭通報會議情況，這是10多年來的第壹次。然而，羅說，新西蘭的反核法律仍然是兩國聯盟的障礙，兩國不能恢復全面聯盟。1998美國國務卿奧爾布賴特訪問新西蘭。1999年初，希普利總理對美國進行工作訪問。65438年6月至0999年9月，克林頓總統應邀赴新西蘭出席亞太經合組織領導人非正式會議並對新加坡進行國事訪問，新美關系進壹步發展。
1999 12工黨和聯盟黨上臺後，對原國家黨政府的外交政策進行了調整，強調新國家在地區防務問題上的自主權，突出其外交政策的獨立性。克拉克總理明確反對前國家黨政府向澳大利亞購買第三艘“ANZ團級”驅逐艦的計劃，並公開宣布取消前政府與美國簽訂的從美國租借和購買28架F-16戰鬥機的合同，堅決放棄前政府關於澳新是單壹戰略實體的聲明，認為這壹聲明與新主權國家的地位不符。新加坡與美澳在安全戰略和防務政策上的分歧進壹步公開化。2000年6月，新聯合政府發布外交和國防政策文件，稱新西蘭在堅持反核政策的同時，將努力與美國保持友好夥伴關系，但不急於恢復新美同盟。
“9·11”事件後，新政府做出決定，支持美國對阿富汗動武，向阿富汗派遣特種部隊，恢復與美國的軍事合作。2002年3月，克拉克總理訪美，新西蘭與美國的關系有所改善，但在核政策、軍備控制等問題上仍存在分歧。