北京生命科學研究院瞄準國家戰略目標和現代生命科學重大前沿，促進學術交流和學科交叉融合，提高整體科技創新能力，推動生物技術產業化，為我國生命科學和生物技術發展做出突出貢獻，定位於科研、管理、服務三大方向。發揮北京七大研究所優勢，完善學科結構布局，規劃醞釀重大研究項目，開展原創性和集成創新性研究，實現中科院北京生命科學團隊大聯合大合作。北京生命科學研究院致力於建設和完善大型公共支撐和服務平臺及基礎設施，加強產學研合作和國際合作，同時推動科研成果和技術的知識創新、轉移和轉化，為我國生命科學發展做出系統性、前瞻性和基礎性創新貢獻。
北京生命科學研究院設有精幹的行政辦公室，負責研究院的日常管理和協調研究院之間的關系，制定北京生命科學研究院的發展戰略和規劃，策劃和醞釀重大原創性和集成創新性研究項目，向國家有關部委和中國科學院提出建議。
北京生命科學研究院聘請生命科學領域和交叉學科領域的著名專家組成學術委員會，負責審議北京生命科學研究院的發展戰略和規劃、重大研究項目的建議、交叉研究項目的申請報告、北京生命科學論壇的選題等重要學術事項，並對北京生命科學研究院的重大問題提出建議。
北京生命科學研究所領導定期與所屬研究所所長召開聯席會議，討論研究所發展戰略、國際合作與協作、大型公共平臺和基礎設施的享有與管理等問題。
北京生命科學研究所建立了壹個開放的、虛擬的、國際合作的跨學科研究中心。已建立的生物信息學研究中心、化學生物學研究中心、幹細胞研究中心、合成生物學研究中心等開放研究中心，吸引科學家充分利用其研究平臺開展跨學科研究。虛擬研究中心包括交叉科學中心、戰略發展研究中心、免疫學研究中心、全球變化生物學研究中心等。，並通過項目牽引開展跨學科、跨領域的科學研究。中美生命科學聯合研究中心、中日研究中心、中德研究中心、中加研究中心等國際合作中心，通過多種形式和合作方式，加強科研人員的國際交流，促進國際合作，提高科研創新能力。
北京生命科學研究院努力為科學研究提供良好的支撐服務，建立大型公共支撐平臺和公共服務中心是北京生命科學研究院的重要任務和職能之壹。通過建設大型公共支撐平臺和公共服務中心，提高科研服務的層次和水平。同時，積極推進科研成果和生物技術的轉移轉化，整合研究成果用於項目融資和產業運作。
北京生命科學研究所創辦北京生命科學論壇和年度學術會議，遴選高水平學術會議，促進學科交叉融合。
北京生命科學研究院致力於提高研究生的綜合素質，培養優秀人才，為研究生開設生命科學和生物技術方面的精品課程和前沿、交叉領域的講座。
北京生命科學研究院的成立恰逢國家中長期科技發展規劃和中國科學院知識創新工程第三階段的頒布實施，為北京生命科學研究院的建設和發展提供了新的機遇和挑戰。北京生命科學院將牢記研究所的宗旨和使命，立足國家戰略發展需求，努力在我國生命科學和生物技術發展中發揮引領和示範作用，為我國生命科學和生物技術發展做出突出貢獻。
研究中心
開放研究中心:
北京生命科學研究院將建立直屬開放式研究中心，包括生物信息學研究中心、化學生物學研究中心和幹細胞研究中心。北京生命科學研究院建立的開放研究中心，只配備少數技術支持人員，面向所有科研院所開放，為科研院所的科研人員提供技術支持和技術服務，吸引科學家充分利用這壹研究平臺開展跨學科研究。
虛擬研究中心:
北京生命科學研究院還將建設壹批虛擬研究中心，如免疫生物學研究中心、交叉科學中心、戰略發展研究中心、全球變化生物學研究中心等。，為科研人員提供壹個平臺，定期討論具體的科學問題，分享信息。虛擬中心主要起到促進學術交流與合作的作用，通過幹濕實驗室和虛擬實驗室的結合，促進學科交叉和創新能力的提高。該研究所研究人員的濕實驗室仍留在原研究所。北京生命科學研究所負責建立交流和信息共享的平臺，通過項目牽引開展跨研究所、跨學科的科學研究。
國際交流與合作中心:
北京生命科學研究院還將建設壹系列國際交流與合作中心，目的是以整體形象促進國際合作。目前，中美生命科學研究中心已經成立。中美生命科學研究中心是由中國科學院北京生命科學研究所與美國內布拉斯加大學醫學院等美國高校聯合建立的虛擬研究中心，並不斷吸引新的美國高校加入。該中心的主要任務是加強中國科學院與美國大學在生命科學領域的學術交流，促進雙方戰略夥伴關系的發展。本中心學術交流的主要形式是在中國和美國交替舉行的年度學術會議。首屆年會於2008年6月在北京召開，主題為“神經與免疫”。第二屆年會將於2009年9月在美國奧馬哈舉行，主題為“免疫與腫瘤”。除了壹年壹度的學術會議，雙方的研究人員還可以通過在線交流平臺(正在建設中)分享科學思想、實驗想法和技術問題的信息。