財務處負責編制部門預算和決算；負責機關及直屬單位財務、固定資產、房管和房改管理工作。
辦公廳擬定本市審計工作規劃和年度計劃；制定和下達全市性重點審計項目的審計計劃；監督審計計劃和方案的實施和執行；牽頭起草審計結果報告、審計工作報告，報告審計發現問題的整改和處理結果；編制全市審計業務統計報表；負責審計業務數據庫的使用、修改、更新和完善。
研究室負責起草審計工作報告等綜合性文稿和全市審計工作會議等其他重要會議文件；負責組織開展與審計工作密切相關的審計政策、計劃和重大事項的研究；負責審核信息的編輯、整理和提交；根據市委、市政府研究室的要求，負責重點研究項目的立項、組織和實施。
法制部門負責推進依法行政的全面工作；承擔有關地方性法規和政府規章的起草工作；制定審計規範和準則；負責行政執法的監督、指導和協調；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作。
人事部負責統籌組織、人事管理、外事管理和安全保衛工作；負責制定幹部職工整體教育培訓計劃；根據分工承擔本市審計專業技術職稱評審的相關工作；承辦有關事項的縣級審計機關負責人。
內部審計指導辦公室負責組織起草有關內部審計的地方性法規和政府規章；對市審計機關審計監督對象所屬單位的內部審計工作進行業務指導和監督；組織內審員的培訓。
機關黨委負責機關及所屬單位的黨群工作。
機關工會負責機關及其下屬單位的工會工作。
離退休幹部辦公室負責機關及下屬單位離退休人員的管理和服務工作。
監察部(派駐)負責本機關的紀檢監察工作。
審計項目評審辦公室組織審計項目評審，實施審計項目質量評估，對依法接受審計監督的單位，核實社會審計機構出具的相關審計報告。
經濟責任審計處(分局)組織實施對本市局級領導幹部和其他依法屬於市審計局審計監督對象的單位主要負責人的經濟責任審計；根據年度審計計劃，負責分管領導幹部的任期經濟責任審計；承辦市經濟責任審計工作聯席會議的相關工作；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
財政審計廳(分局)組織對市本級預算執行和其他財政收支的審計；負責對市財政局、市地稅局和國庫北京支庫的財政預算執行和決算進行審計監督；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
行政審計處(分局)組織對與市財政有直接預算支付和撥款關系的市級國家機關、政黨、社會團體和事業單位進行審計監督；負責對市級行政機關和主管事業單位的預算執行、決算和其他財務收支進行審計監督；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
農業資源環境保護審計廳(分局)組織對政府部門管理和社會團體委托的農林水利和資源環境保護資金的征收、管理和使用情況進行審計監督；負責對主管部門的預算執行、決算和其他財務收支進行審計；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
固定資產投資審計辦公室(分局)組織對市政府投資和以市政府投資為主的建設項目進行審計監督；負責對主管部門的預算執行、決算和其他財務收支進行審計；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
第二固定資產投資審計處(分局)組織對投資者多元化建設項目的審計監督；負責對主管部門的預算執行、決算和其他財務收支進行審計；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
經貿審計局(分局)組織對國有企業和國有資產占控股地位的企業進行審計監督；負責審計主管部門的預算執行、決算和其他財務收支，審計市屬國有企業集團的財務收支；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
社會保障審計處(分局)組織對市政府及其部門委托的社會保障資金、社會捐贈資金及其他相關資金和基金進行審計監督；負責對主管部門的預算執行、決算和其他財務收支進行審計；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；開展相關專項審計調查。
財政審計機關組織對市屬國有金融機構和國務院規定的國有資本占控股或者主導地位的金融機構的財務收支進行審計；根據審計署的授權，組織對國際組織和外國政府援助貸款項目的財務收支進行審計；組織開展相關專項審計調查；協調和指導區縣審計局的相關審計工作；承辦市審計局交辦的其他工作。
第壹派負責市經信委等部門及所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
二調度局負責市教委等部門及所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第三調度局負責市公安局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第四派出局負責民政局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第五調度局負責市農委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第六調度局負責市園林綠化局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第七條調度局負責市交委等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
第八條派出局負責市文化局等部門及其所屬單位的預算執行審計；承辦市審計局交辦的其他審計事項。
宣傳教育中心負責本市審核宣傳的輔助性和事務性工作；承擔全市審計機關審計幹部教育培訓的具體實施工作；承辦中國審計報記者站的工作；承擔審計科學成果的推廣和利用；承擔《北京審計》雜誌內部刊物的編輯出版工作；承擔北京審計學院秘書處的管理工作。
審計項目績效評價中心承擔對本局完成的審計項目的目標、實施過程、社會效果和影響進行績效評價，為提高審計項目決策和管理水平提供對策和建議。
計算機中心負責全球信息化建設的規劃、管理、組織和協調；全球計算機網絡建設和管理；建立審計數據庫，協助審計軟件的開發、推廣和應用；計算機網絡及其他計算機軟硬件的技術咨詢、維護和服務。
審計幹部培訓中心為審計幹部提供各類業務培訓服務，承辦各類專業會議服務。
辦公服務中心管理局屬房產的改擴建和維護，為機關幹部職工辦公提供工作餐、公務用車等後勤服務。