曾任北京林業大學水土保持學院主任、副院長、教研室主任。現任水土保持與荒漠化防治國家重點學科帶頭人，教育部水土保持與荒漠化防治專業委員會主任，中國荒漠化培訓中心副主任，國家級有突出貢獻的中青年專家。享受政府特殊津貼，入選人事部千人計劃。兼任北京市、青海省政府專家咨詢組顧問，國家林業局西部生態環境建設專家咨詢委員會委員，科技部“首都圈”專家組成員，中國防沙治沙工業學會常務理事，中國林業學會森林水文與流域管理專業委員會副理事長， 中國林業學會沙棘專業委員會副主任委員，北京沙產業協會副主任委員，北京市水務局、北京市林業局特聘顧問。 山西省林業廳特聘顧問，國際綠色事業與發展研究組織副秘書長兼首席專家，聯合國工業組織中國綠色委員會委員，聯合國生態安全合作組織荒漠化防治委員會首席專家，日本滑坡學會理事，國家林業局西部開發生態環境治理委員會顧問。他還是《北京林業大學學報·水土保持與中國水土保持研究》的編輯委員會成員。
孫保平教授長期從事水土保持與荒漠化防治、工程綠化、流域管理等學科的教學和研究。
1980—1985參加“六五”國家重點科技項目“寧夏西吉黃土丘陵區水土流失綜合治理研究”；
1986—1990主持七五國家科技攻關項目西吉試驗區研究工作，參與“黃土高原水土流失規律研究”、“黃土高原坡地生產研究”等重點研究課題；
1991—1995主持“八五”國家科技攻關課題“寧夏黃家二岔小流域治理及生態經濟體系建設研究”；
65438—0996—2000主持國家九五科技攻關項目“亞濕潤地區荒漠化防治技術研究與示範”、“永定河沙地生態景觀防護林體系建設技術研究與示範”等課題。
2001-2005年主持國家十五科技項目“寧夏河東沙地退化草地恢復與風蝕防治技術示範區”和* *研究課題“農田與草地風蝕防治技術研究”、國家科技支撐項目“黃土高原植被恢復與退耕還林技術模式示範”、北京市科技重大專項“北京市防沙治沙技術研究與示範”
目前負責“十壹五”國家科技支撐項目“寧夏河東沙地退化草地植被恢復利用技術研究與示範”、“天津薊縣小流域水土流失綜合治理技術示範推廣項目”、國家林業局專項研究項目“中國北方退耕還林工程生態功能評價”等多項研究項目。
多次獲得國家、省部級科技進步獎和先進個人等榮譽獎項。
1987“寧夏西吉黃土區水土流失綜合治理研究”獲國家科技進步二等獎；
1992“黃家二岔小流域綜合治理研究”獲原林業部科技進步壹等獎，“黃土高原綜合治理綜合研究”獲中國科學院科技進步壹等獎；
1993“黃土高原綜合治理研究”獲國家科技進步壹等獎；
2003年，“山西省平陸區林業綜合信息監測管理系統的研究與建設”獲山西省科技進步二等獎。
主編《荒漠化防治工程》、《林業GIS》、《區域決策系統》、《小流域綜合治理理論與實踐》、《黃土高原土地生產潛力研究》、《林業文獻計量研究》，擔任《中國水利大百科全書》副主編，參與水土保持工程等著作10余部，發表學術論文40余篇。
主持並參與編制了《北京市生態建設規劃》、《青海省生態建設規劃》、《北京市防沙治沙“十壹五”規劃》、《張北農牧交錯帶生態修復規劃》、《科技部防沙治沙關鍵技術“十五”規劃》、《首都地區防沙治沙技術研究與示範規劃》。
孫保平教授註重國際交流與合作，先後主持了林業發展比較研究和林地小氣候變化研究、中韓荒漠化防治技術合作、中日黃土高原滑坡成因研究等中德農業科技合作項目。他主持了中德防治荒漠化技術合作研討會、幹旱地區生物多樣性和植被恢復研討會等國際會議。2005年，他代表中國的非政府組織參加了第七屆聯合國防治荒漠化公約締約國會議。