負責區衛生局黨委和基層黨組織的思想政治建設和行業精神文明創建工作；負責黨委重要事項的督查督辦；負責機關及下屬單位維護政治穩定和防範、處理邪教問題；負責黨委理論中心組的學習；負責機關及下屬單位的宣傳工作；負責黨委的文電、會議、信息等工作；承擔黨委重要文稿的起草工作；負責機關及下屬單位的組織建設，指導機關換屆選舉，在青年團員中開展“引智引智”、“促才入黨”工作；負責機關及下屬單位團費的收取、使用和管理；負責機關及下屬單位“青年文明號”的創建和驗收；負責本轄區醫療機構誌願者的招募並組織誌願服務；負責本轄區非公立醫療機構團組織建設和流動團員的管理和教育。
(2)辦公室
負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等工作；承辦信息、議案、建議、提案、安全保密、信息公開等工作；負責重要事項的組織和監督；負責辦理機關及下屬單位各類人員因公出國手續；負責機關及直屬單位外事工作的宣傳、咨詢和協調；負責機關及下屬單位的衛生信息管理和信息化建設；負責處級以上領導幹部的考勤。
(3)政策研究室
承擔本地區醫藥衛生改革與發展重大問題的調查研究，提出相關建議；負責擬定本區衛生事業發展規劃和中長期發展規劃；負責機關重要文稿的組織撰寫；負責本地區衛生年鑒的編輯工作；負責制定下屬單位綜合目標考核計劃並組織實施。
(4)法律監督科
負責推進行政機關依法行政的全面工作；承擔機關規範性文件的合法性審核；在職責範圍內指導行政許可工作；承辦行政復議、行政訴訟和行政賠償的相關工作；負責本轄區消費環節的食品安全監督管理和衛生執法監管；組織協調打擊非法行醫行動，督辦相關重大違法案件；負責職責範圍內的來信來訪和矛盾調處；負責處理機關信訪復查案件；監督管理本地區醫療廢物的處理。
(5)衛生應急辦公室
負責擬定本地區突發公共衛生事件及相關專項的應急預案，指導本地區各級醫療機構應急預案的日常演練和相關衛生應急知識與技能的培訓；負責指導本地區醫療急救體系建設，開展急救質量控制和管理；負責本轄區公共衛生指揮調度平臺建設；指導本轄區各級醫療機構突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、救援和風險分析評估工作；負責本地區的公共衛生危機應對；協調本地區搶險救災、反恐、中毒、輻射事故等重大安全事件的應急醫療救援工作；協調本地區突發重大傷害、公共衛生事件和各類大型活動的衛生應急保障工作；承擔本區突發公共衛生事件應急指揮部辦公室的日常工作。
(6)疾病預防控制部門
負責制定本地區重大傳染病、地方病、常見病和慢性非傳染性疾病防治規劃和措施，指導疾病預防控制體系建設；組織實施本轄區免疫規劃和預防接種異常反應事件的調查處理；組織傳染病、地方病的綜合防治、監測和疫情報告，實施本地區重大疫情應急處理；組織本轄區與人體健康相關的病原微生物實驗室生物安全的日常監管；制定本區健康促進的規劃和計劃並組織實施；負責本轄區城鄉初級衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理；
(7)初級衛生部門
負責本轄區城鄉初級衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理；制定本區初級衛生工作的發展規劃、政策、措施、規範和標準，並組織實施；指導本地區基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作；承擔本區社區衛生服務機構的檢查、督導和評估工作；負責管理本地區老年人健康和初級醫療康復工作；參與基層衛生人才隊伍建設和實用技術推廣。
(8)醫務管理部(北京市朝陽區獻血辦公室)
負責擬定本區醫療機構設置規劃，參與制定區域衛生發展規劃；負責本轄區醫療機構的審批、登記、變更、驗證、註銷、資格審查和執業註冊；指導本地區醫院感染控制體系的建設；負責本地區醫療機構醫師資格考試的初審；承擔本轄區醫療服務監管工作，建立醫療質量評價和監管體系，組織醫療質量、安全和服務評價；組織實施醫療護理技術質量和服務質量以及醫療機構管理的政策、規範和標準，實施醫療技術應用準入制度；組織實施本地區醫療機構對口支援和“下鄉”工作；負責本地區醫療機構醫療廣告的初審；負責本地區醫療事故鑒定的受理和審核；參與制定和實施本地區醫療救助政策；負責本地區幹部醫療保健管理工作；負責麻醉藥品和第壹類精神藥品印鑒卡的審批；負責附屬醫療機構大型醫療設備的集中采購；負責本地區獻血、醫療用血和采供血的監管；指導本地區醫療機構用血；在本地區推廣無償獻血。
(9)中醫系
負責制定本地區中醫醫療機構設置規劃，完善中醫醫療服務體系；組織開展本轄區醫療機構中醫藥適宜技術推廣和中醫藥應用傳播，促進中醫藥防治知識普及；規範中醫專家多點執業；規範政府組織的中醫醫療機構實施中醫藥特色服務年度績效考核。
(十)婦幼和心理健康部
負責制定本區婦幼衛生和精神衛生工作的發展規劃和措施，並組織實施；負責所轄醫療機構助產技術服務和計劃生育技術機構及人員的行政審批和監督管理；指導本地區婦幼保健和精神衛生體系建設；承擔本地區預防和減少出生缺陷的組織協調工作；負責本地區產前篩查機構的資質備案和管理；負責本地區幼兒園的衛生保健管理；負責機關及下屬單位的計劃生育工作；負責本地區精神衛生專業人員的監督管理；承擔本轄區重大事故群體心理危機幹預的組織協調工作；負責本地區獻血、醫療用血和采供血的監管；指導本地區醫療機構用血；在本地區推廣無償獻血。
(11)人事科學和教育
負責擬定本地區衛生系統人才培養、繼續教育和科學研究計劃，並組織實施；負責本區高層次衛生人力資源信息庫的管理；負責機關及下屬單位的人事、機構管理和人才隊伍建設；監督本地區衛生專業技術資格考試的報名和考區的考試工作；承擔所屬事業單位高級專業技術人員評價的初評責任；組織下屬單位開展衛生科普。
(十二)財務審計科
負責機關、新型農村合作醫療和基建項目的財務管理；負責編制年度預決算和國有資產管理；負責下屬單位醫療服務收費、行政收費、藥品、血液和制劑收費的監督管理；制定機關及下屬單位內部審計制度，監督預決算、財務收支，指導下屬單位開展內部審計工作；制定附屬機構資產保值增值和經營狀況的評價標準，並組織實施；負責下屬單位領導幹部的經濟責任審計。
(13)規劃綜合部分
負責統籌規劃區域內的衛生空間布局；負責本系統住房資源的配置和整合及產權管理；制定本系統的基本建設規劃和年度計劃並組織實施；負責本區配套醫療設施的方案審批、驗收和接管；組織協調附屬醫療機構後勤設施的技術改造和維護；負責機關及下屬單位職工住房制度改革、職工住房產權監管和物業管理費審核；負責機關及下屬單位非中方黨員因私出國(境)的審核和申報工作；負責部門級以下人員的考勤工作；負責機關的績效考核；負責機關的行政後勤管理；負責社會治安綜合治理、易燃易爆物品監督管理、環境保護和機關及下屬單位的監督管理；組織協調機關及下屬單位的安全生產工作；負責下屬單位的後勤改革和管理。
(14)組織科
負責實施局黨委領導班子建設和領導幹部選拔任用、教育培訓、管理考核；負責檢查督促下屬單位黨建工作的落實；負責機關及下屬單位黨員黨費的收繳、使用和管理；負責機關及下屬單位離退休幹部和處級離退休幹部的管理和服務工作；負責機關及下屬單位的統戰工作；負責下屬單位政工師的考評工作；指導本區非公立醫療機構黨建工作；指導區衛生局老醫藥衛生工作者協會的工作。
(15)工會
負責維護下屬單位職工和婦女的合法權益；指導下屬單位健全和完善職工代表大會，檢查和監督下屬單位的民主管理和院務公開；負責機關及下屬單位工會經費的收繳、使用、監督管理和員工安康保險檔案的管理；指導下屬單位工會圍繞四項基本職能開展“兩個率先三優”創建活動；負責幫助有困難的員工，組織推薦勞動模範；指導本區非公立醫療機構工會聯合會的工作。