全書分為六個部分:黑色裂變、國家命運、金戈馬鐵、牟陽春秋、鐵血文明、帝國迷霧。這部巨作還原了巨大的歷史落差和戲劇性的帝國命運，再現了壹個國家壹步步實現夢想的悲壯過程。書中的每壹行每壹頁都充滿了智慧、雄心和政治精神，充滿了自強不息的精神，充滿了來自中國原始文明時代的英雄氣概和真靈魂。
第壹部分
主要寫秦國由弱到強的崛起史，並穿插先秦史和六國史；中心事件是商鞅變法，中心人物是商鞅、秦孝公以及戰國初期的壹批偉人和名人。止於車查商鞅；第二部分是基於舊貴族復辟勢力的崛起和秦國再次陷入危機的命運的結構性懸念。(更多內容可參考同名電視劇《大秦帝國》的“故事梗概”。)
第二部分
這是秦郭棟與六國鬥爭的歷史。秦惠王從商區百姓按古俗安葬尚軍開始，重新與變法勢力結盟，以鐵腕鎮壓舊貴族的叛亂，整肅王朝，起用忠於新法的年輕官員，形成朝氣蓬勃的新壹代力量，全力準備東進中原。神秘的鬼谷子有兩個剛學的新生代名人。蘇秦和張儀的名字已經悄悄傳到了秦國政府。
春天，洛陽郊外蘇的別莊來了壹位客人。張毅從安義來看望她的同學蘇琴，他們是七年的兄弟。雙傑聚酒評世，約定:蘇秦謀秦，張儀謀魏，齊楚同舟共濟，* * *共患難。當蘇秦激動地準備入秦與父親告別的時候，他那做了壹輩子生意的老父親只給了他壹句話:祖國是根，根是第壹位的。蘇沁知道，這是父親要求他在出山前向世人展示正直。他改變了主意，去破落的洛陽宮去見周閑國王。周憲王賜蘇王車，遊說戰國，為周人爭光。蘇秦對美麗而神秘的宮廷官員延吉壹見鐘情。對王維胸有成竹的張儀求見王維，恰逢孟子進宮路過大梁。張儀與孟子爭吵，惹惱王維，遊說受挫。蘇秦離周重入秦，張儀先遊後談楚。兩者都遭遇重大挫折，失敗了壹段時間。
七國之亂猶如混戰，秦國新軍接連大獲全勝，對山東六國構成強大威脅。蘇秦忍辱苦修三年，洞悉天下大勢，重新入世，提出了聯秦抗秦的大戰略。在燕國皇後燕姬的幫助下，他被燕文公封為吳新軍。他突破燕國，成功遊說六國結盟，被任命為六國丞相，與戰國四子聯手，組成六國聯軍，對秦國形成強大壓力。秦在危機時刻尋找賢人的聰明行動幫助破解了張儀進入的問題。張儀提出了連橫大戰略，主持了秦與山東六國的大鬥爭。並贏得了秦公主、掌管秘密組織“黑冰臺”的元華、宮女的愛情。
楚懷王頭腦簡單，頑固不化。任命壹批老族長。幸運而貪財的鄭袖公主拒絕了主張改革強國的醫生屈原。任命無能的子蘭為合縱連橫的總司令。幾經較量，六國聯軍攻秦，但六國聯軍因為基礎不穩，內鬥多，頻頻失敗，聯盟宣告失敗。蘇秦回燕避禍。戰爭中傷亡最大的是楚國，楚王惱羞成怒，責怪張儀。於是他恢復了屈原的兵權，並發誓要報復秦國。淳沈駿立即北上燕國，邀請蘇秦前往楚國，準備發動第二次聯合。
剛剛經歷大戰的秦國，送來了割地求和的國書。誰知，楚懷王見了情形，大叫:不要割地，只要張儀！正當秦國準備壹戰的時候，剛從燕國出使歸來的張儀自請楚國。外交關系就像壹個戰場。張儀和嬴華從容對付楚國，終於化險為夷。剛剛恢復大司馬之職的屈原，從楚地改革和聯合的利益出發，企圖出兵刺殺張儀，卻險些造成張儀和蘇秦這對生死之交的誤會。在秦國的異化下，屈原再次遭到聲討。剛強勇猛的屈原在楚曲家的支持下，私自調動八萬楚新軍，貿然與秦軍交戰，大敗，全軍覆沒。回到燕國的蘇秦，被壹個野心家的兒子卷入了壹場陰謀，於是離開了燕國，投奔了齊國。幾經周折，綜合改革終於在齊國推開了。神秘隱退的燕姬也歷盡千辛萬苦跟隨蘇秦入齊，兩人終於重逢。
就在張儀遊說六國成功實施連橫親秦戰略的時候，秦惠王卻患上了不明原因的“暮狂”。張儀入齊求方士，恰遇蘇秦被舊貴族所殺，兩兄弟生死分離。葬了蘇秦後，他悲憤而歸，秦內政發生了奇怪的變化；暴怒的太子與歷史悠久的甘茂合謀排斥異己，大將軍司馬錯被迫離崗退位。為了避免被趕下臺，張儀退隱秦朝。勇士秦武王率領大軍東征洛陽，把秦國再次推向了危險的境地...
第三部分
從東進開始，洛陽的周皇帝、君主、大臣和大臣都驚慌失措。接連發生了兩次沖突:壹次是益陽之戰，為秦軍東進鋪平了道路，千夫所指；二、秦武王進兵洛陽，舉鼎驟死。
奉遺詔，率壹千鐵騎從陰山北秘密進入燕國，歷盡艱險，設計迎回在燕國被劫為人質的年輕太子紀；甘茂與魏冉、白起等兵結盟，合力粉碎了公子李政變，立公子姬(秦昭王)繼位；掌管燕國的大臣樂毅，勸說與秦國結好婚，送回給兒子嵇的生母邱壩子(宣太後)；燕壩子撥亂反正，整頓了王朝，並破例起用他的弟弟魏冉為丞相，親自攝政以穩定秦國。
有“東海綠蛟”之稱的國王，想獨霸天下，鼓動山東六國率先出兵六十萬滅秦。秦國危急時刻，宣太後單槍匹馬，起用白起為大將軍，大敗中原六國聯軍。燕國密謀攻齊報復，趁機再次東去。冬季大舉進攻河內，拉出三十余個魏漢城，秦設河內郡。為了保全齊國，呂忠廉南下楚國，尋求與秦國結盟。從天而降，水陸並進攻楚，奪夷陵，奪郢都。楚國被迫北移，秦國建立南郡，成為戰國的超級霸主。燕秘密地把五個國家聯系在壹起，組成壹支由著名的為統帥的聯軍，大舉進攻齊國。齊軍連續失利，暴虐的齊敏被暴民砍頭！盟軍攻占臨淄，五國還軍。燕軍壟斷了齊國全境，但余即墨和堅守。名將田單即墨抗燕六年，最後以火牛陣擊敗燕軍恢復齊國，齊國燕國壹同衰落。
後來，貪圖工作，不顧的反對，派的將軍率領十萬大軍攻打趙。第壹次被趙奢打敗，宣太後下跪自盡，秦國君和臣民醒悟。趙國崛起的內幕被揭開，趙武靈改革王的傳奇故事“胡夫騎射”被壹壹揭開，秦國和趙國開始了長期而認真的斡旋；被奸臣陷害的名將範雎進入秦國，幫助秦國的趙浩棋趕走了魏冉，幫助趙浩棋掌管自己的事務，提出了“遠交近攻”的大戰略，使秦國形成了新的合力；趙與勾結，接受韓飛來為黨，欲居高臨下打壓秦國，引起了秦國的警惕，暗中與趙決戰。三年的“長平之戰”層層展開，壹戰滅盡趙精銳，戰後進入晚年，逼其在自殺，憂心忡忡。更困難的是，王子體弱多病，沒有兒子。所有的王子都是平庸無能的，甚至選擇壹個品德高尚的人來建立另壹個的可能性也很小。秦王室第壹次陷入了後繼無人的危機狀態，導致了第四部。
第四部分
第四部分是秦連續三次政權交接危機的驚心動魄的低谷歷史。隨著入秦和魯豫，著名學者唐舉預言了他的命運，故事壹次次展開:誤稱為勇退，而卻瞧不起他。唐炬秘密會見了他的老朋友，並介紹了蔡澤的計然的富國人才。範雎寫信舉薦蔡澤為親，毅然辭官退隱，與呂忠廉壹起南下；盧忠廉帶領範雎在陳誠與呂不韋相遇，從而成就了呂不韋的商業人生。當呂不韋北上邯鄲時，他碰巧遇到了秦國的人質王孫，並變得雄心勃勃。他最終決定棄商從政，魯的傳奇就此開始。
呂不韋以雄厚的財富進入鹹陽，使王孫成為太子的兒子；趙的知道人質逃跑了，就帶領軍隊去殺他們。與數百名名人血戰，方和外星人回到了秦國。秦王病死，老太子朱(秦孝文王)繼位壹年後病死。異族(秦莊王項)繼位，任命呂不韋為丞相，推行新政。莊襄王在位三年後駕崩，之前被迎娶回來的十三歲兒子趙征繼位。呂不韋是攝政王，與王太後並稱“項榜”和“管仲”。在此期間，呂不韋兩次主持大局交接，穩定朝野，開疆拓土，名聲大增。然而，他與太後趙霽的曖昧關系引起了皇室元老們的批評。呂不韋用極端的手段解放了自己，還讓半決賽的老艾和趙霽搞上了。趙霽以攝政王母之權，封老艾為長信，總攬淫亂宮室，圖謀政變奪位，釀成了秦國歷史上最大的醜聞。
年輕的秦始皇與聯手，壹舉將老艾叛軍連根拔起，並將太後貶回趙故裏；秦始皇二十壹歲就掌權了。為了消除秦法制的嚴刑峻法，號召民眾制定《呂氏春秋》以確立雜家治國方略。個性鮮明的秦始皇堅持商鞅的法制，嚴重反對呂不韋的政治主張。呂不韋決心出版《呂春秋》，為的是通過朝野公開協商決定治國方略；在巨大的壓力下，秦國的王政與楊李斯、王建、蒙恬等新銳勢力結成守護同盟，密謀對付呂不韋集團。秦再次面臨轉折危機，由此引出第五部。
第五部分
第五部分是最完整的故事，也是全書的高潮。
呂不韋在鹹陽四門貼出《呂氏春秋》，公然懸賞改字賜女，拉開了序幕。李斯、蒙恬、在大門口大辯論，公開批駁《呂氏春秋》，引發朝野大辯論；呂不韋因“惡法亂政，混淆視聽”被秦王罷黜，呂不韋被迫在洛陽自殺。
從此，帝國的大幕正式拉開，展開了四個階段的故事:第壹階段，軍政被整肅，大批年輕的將軍大臣形成了新壹代的勢力。與此同時，秦國腹地水利工程鄭國渠得到大力建設，秦川成為天府之國；第二階段，發動統壹中國的持續戰爭，展開六國逐壹滅亡的故事；第三階段，統壹中華文明體系，發動陰山戰爭徹底趕走匈奴，修建萬裏長城等大型工程；第四階段，秦始皇嬴政周遊列國。他太累了，所以他依靠煉金術士的神奇技能進行治療。他覺得人生苦短，所以生來就有求長生之心。在第六次巡演中，他突然病重，死在了就職巡演(沙丘)的路上。秦國出現了巨大的權力真空，野心和陰謀蠢蠢欲動，導致了第六部。
第六部分
秦始皇在沙丘暴斃拉開序幕，趙高和胡亥密謀政變，壹直領導國家政權的功勛宰相李斯被利誘加入陰謀而被劫為人質，最終導致了經過人才錘煉的秦帝國最高權力的大分裂。
後來，伏肅被迫自殺，掌握軍權的蒙特梭利兄弟被殺。胡亥稱帝，趙高領政，秦帝國的力量頓時發生了質的變化。二世集團屠殺帝國英雄，連根拔起皇室異己，推行壹系列暴虐混亂的政策，極大地激化了隱藏在秦始皇時期的各種社會矛盾。
後來陳勝、光武大起義爆發，六國舊貴族乘勢而起，燎原反秦。帝國打贏了對農民軍的戰鬥，卻未能反攻以六國舊貴族為基礎的反秦勢力。隨後劉邦和項羽雙雙入主鹹陽，風雨飄搖的朝廷再次發動政變，胡高集團壹度被摧毀。恢復秦王稱號的子嬰投降，秦帝國政權結束。項羽的軍隊徹底掠奪了帝國的貨物，然後三月鹹陽宮被火燒，整個關中變成了八百裏的廢墟，大秦帝國壹下子就消失了。