另設機關黨委辦公室(正廳級)、離退休幹部處(正廳級，隸屬人事教育司)。
(1)辦公室
制定本單位年度工作計劃和相關工作制度；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科學研究和學術交流；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事宜。
(2)政策法規科
組織實施綜合稅收政策；承擔相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計。
(3)稅務管理科
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；管理增值稅專用發票；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。承擔有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的具體實施；組織實施特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題。
(4)收入會計科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用。
(5)納稅服務科
組織、協調、指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；負責12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運營管理。
(6)收款管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等相關工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
(7)財務管理科
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承辦本單位的基本建設、資產管理、政府采購和著裝管理；組織實施財務管理、基本建設項目和領導幹部經濟責任審計。
(8)進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙稅工作。
(9)人事教育科
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔管理權限內領導幹部和後備幹部的管理、考核和監督工作；監督檢查本單位幹部人事規章制度的執行情況。組織實施本單位的稅務文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估。
(10)監察室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本單位工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
(11)辦稅服務廳
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、納稅申報審核、咨詢指導、減免申請及相關優惠政策受理等。
(12)機關黨委辦公室負責本單位黨群和黨建工作；承擔思想政治工作和精神文明建設；指導工會、共青團和婦聯的工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作。
離退休幹部科承擔本單位離退休幹部的服務和管理工作。