制定本系統的年度工作計劃、長遠發展規劃和相關工作制度；組織省局重要文稿的起草和審核；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼、系統安全等工作；負責政務公開和政府信息公開；承擔網站的運行和維護；制定行政事務和辦公室規章制度；管理機關的財務和其他行政事務；組織辦理全國人民代表大會代表的議案和建議以及CPPCC委員的提案；負責督促重要事項的落實。
政策法規司
制定並組織實施依法行政和稅收管理制度；組織協調涉及多個稅種的綜合稅收政策的實施；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，定期進行清理、評估和反饋；承辦局外多稅種、綜合性稅收政策文件工作；牽頭審核重大稅務案件，規範稅務行政審批；承擔稅收規範性文件的備案和查閱工作；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織反補貼案件的應訴；研究稅制改革和完善稅收管理體制的相關問題；承擔稅務業務和法律事務的協調工作；指導和檢查本系統的稅收建設。
商品和服務稅辦公室
組織實施增值稅、消費稅、營業稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；管理增值稅專用發票；參與與稅收有關的日常審計、日常檢查、納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
所得稅辦公室
組織實施本省法律法規規定的企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與所得稅相關的具體業務問題；組織實施所得稅稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；負責減免稅和稅前費用的審核、審批和管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
收入規劃和會計辦公室
牽頭編制年度稅收收入計劃、出口退(免)稅計劃，分配年度稅收收入和免稅計劃；監督檢查納稅和退稅情況；組織稅收收入分析預測、稅收收入能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；組織實施稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關制度；承擔稅收數據的綜合管理和應用，對外發布稅收數據。
稅務服務辦公室
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；安排使用納稅服務專項資金；協調實施本系統註冊稅務師行業政策；推動和引導中介組織參與納稅服務。
行政和科技發展司
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；研究提出完善專業稅收征管和稅收征管法規的建議；組織實施稅收征管數據管理和應用方法、綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估和風險管理；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織實施稅收管理信息化建設的規劃、方案和制度；組織本系統信息技術系統的建設、監督和驗收；承擔稅收管理信息化建設項目的立項、技術標準、業務要求和資金使用管理；承擔稅收管理信息系統的建設、監督和檢查。
財務管理辦公室
制定財務管理和基本建設管理辦法；審核和編制部門預算和決算；組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；組織實施本系統資產的購置、占有、使用、處置和清理；負責服裝管理。
組織實施政府采購規章制度，制定具體實施辦法和操作規程；擬定年度采購計劃，辦理具體采購事宜；規範本系統政府采購業務管理，防範和化解采購風險。
內部審計辦公室檢查員
組織實施對稅收法律、法規、部門規章和規範性文件執行情況的監督檢查；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；組織實施稅收執法責任制、稅收執法過錯責任追究制和稅收執法質量考核；檢查人員執行稅收執法檢查結論和各項審計結論。
人事處
組織實施幹部人事制度和稅務人才隊伍建設規劃，制定具體實施方案；承辦人事、機構編制和公務員管理工作；承擔工資、人事檔案和專業技術職務的管理工作；負責本系統領導班子的建設；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；按照幹部管理權限，提出領導幹部經濟責任審計的要求；管理機關和系統的外事工作；辦理出國政審；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；組織實施系統的黨建工作。
檢驗工作辦公室
組織實施檢查制度，制定具體實施辦法；擬定年度檢查工作計劃，組織檢查工作；監督檢查下壹級領導班子和領導幹部執行政治紀律、組織紀律、群眾工作紀律和黨風廉政建設的情況；落實、協調和監督幹部監督聯席會議領導小組議定和決定的事項。
教育部門
(思想政治工作辦公室)
擬訂並組織實施幹部培訓、學歷教育管理制度、工作規劃和年度培訓計劃；組織培訓質量評估和評價；承擔教育培訓經費管理和培訓機構的業務管理；指導和檢查本系統的教育培訓工作。組織制定全省國稅系統思想政治工作規劃、方案和實施意見；部署、檢查和考核全省國稅系統的思想政治工作；負責全系統各類創建活動的策劃、組織、實施、檢查和表彰；指導基層開展精神文明創建工作；負責指導全省系統開展稅收文化建設和基層建設；承辦對社會的稅收宣傳和新聞發布。
檢查辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定相關制度和實施辦法；監督檢查本系統各級機關和工作人員執行黨的路線方針政策和遵守法律法規的情況；監督檢查系統各級領導班子及其成員維護黨紀、執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政談話、誡勉談話等情況；協助黨組加強黨風建設，組織協調反腐敗工作；加強對“兩權”的監督制約，開展執法監督和整改工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件。
大型企業稅務管理部門
承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；組織實施匯總(合並)納稅企業的日常稅務檢查。
國際稅務管理局
指導、協調和檢查有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的實施；組織實施非居民企業所得稅征管制度，辦理國(境)外相關稅務事宜；牽頭組織實施特別納稅調整，解釋和處理具體業務問題。
進出口稅收管理司
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；參與編制年度出口退(免)稅計劃，下達年度退稅計劃；組織實施出口退稅管理；監督檢查進出口稅收政策的執行情況。
機關黨委辦公室
負責省局機關和直屬單位黨建、工會、青年、婦女工作；承辦省局機關精神文明建設、人員思想政治工作、效能建設和崗位責任制考核；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；承擔省局機關統戰工作。
離退休幹部辦公室
承辦離退休幹部的服務和管理工作；監督、檢查和指導本系統的離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調本系統離退休幹部活動。
檢驗局
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調和監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報和大案要案的收集、整理、上報、督辦，辦理重大稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；指導和協調本系統的檢驗工作；制定稅務檢查計劃，組織專項稅務檢查工作；管理和發放稅務檢查證；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；指導和協調稅務檢查；受理稅收違法案件舉報，負責舉報獎勵資金的管理和使用；負責金稅工程發票的調查。
信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障；參與制定稅收管理信息化建設規劃和實施計劃，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；建立、管理和維護計算機應用系統、網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件開發；負責組織信息技術培訓；參與本系統工程技術職稱資格考試和評審；組織本系統的信息安全管理和實施。
器官服務中心
承擔代理事務的管理、保障、安全和服務，制定具體工作制度；參與機構後勤系統的改革；承擔機關節能管理工作。
稅務科學研究所
承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究工作；開展稅收學術交流，組織、指導和協調本系統稅收研究工作及相關稅收研究成果的評選和獎勵；負責匯總和上報稅務研究項目的資金需求；編輯內部稅務日記帳。
註冊稅務師管理中心
組織實施註冊稅務師行業管理政策和制度，承擔行業資格、資格考試、考試和培訓工作；監督檢查行業的執業情況。
福建省稅務幹部學校
承擔稅務系統實施教育培訓工作。