2002年5月，耿同誌任公司經理後，緊緊圍繞“如何把撫順石化公司這個老廠房打造成現代化旗艦”這篇大文章，以“創業求生存，發展求未來”的企業理念激勵全體幹部職工，堅持把加快發展放在首位，保持改革發展穩定的協調統壹。
5438年6月至2005年2月，耿出任中國石油天然氣股份有限公司遼陽石化分公司總經理、黨委書記，成為中石油上市地區公司最年輕的“掌門人”。耿，工學博士、工商管理碩士、教授級高級工程師，以高度的思想政治覺悟、全新的管理理念、艱苦奮鬥的作風，帶領員工率先垂範、銳意改革，取得了顯著的成績。2005年獲遼寧省“五壹勞動獎章”、撫順市“特殊勞動模範”等榮譽稱號。2006年當選全國人大代表，獲得“遼寧十大金融人物”稱號和遼陽市“項目年”特別貢獻獎。
耿就任遼陽石化公司總經理後，兢兢業業，任勞任怨，公司各項工作都取得了很大的進步。2006年加工原油369.5萬噸，銷售收入6543.8+088.7億元，同比增長22.4%。完成考核利潤6543.8+0.07億元，在中石油煉油業務中名列前茅；上繳稅收8.37億元，其中地方稅收654.38+0.4億元，同比增長20.6%；職工人均收入超過4萬元，平均每人增加8000元以上。壹年來，企業的凝聚力、向心力和影響力不斷提升。綜上所述，耿的工作主要體現在以下幾個方面:“壹、二、三、四、五、六”
“壹”是指明確壹個企業發展的戰略目標。耿緊緊抓住發展這個第壹要務。他根據中石油總部為遼陽石化的發展定位，對公司的長期發展戰略進行了詳細的研究和論證，確立了“國內領先、具有國際影響力，建設以芳烴為特色的大型石化基地”的發展目標，成為指導全體員工思想的行動指南。
“二”是指與國際兩大公司的高端合作。具有鮮明的國際視野，與美國UOP公司結成戰略聯盟，開展未來十年的規劃合作，為建設世界級芳烴基地和中國最重要的俄羅斯石油加工基地奠定了堅實基礎，成為中石油第壹家與國際大公司進行全面戰略合作的公司。他提出在安全管理方面與杜邦公司合作，堅持理念先行，註重用先進理念指導實踐，將行之有效的傳統管理經驗與世界先進企業的管理理念和措施相結合，促進公司安全管理水平的提升。
“三”是指全力推進“三安”工程，即“鞍煉結構調整、安居工程建設、實現安全生產”。耿穩步推進鞍煉結構調整。壹方面，他與多方溝通協調，克服困難。另壹方面，堅持順利合龍，友好操作，春風化雨，解決了12年未解決的歷史問題。他下大力氣解決備受關註的住房問題，多方奔走協調，使停滯了壹段時間的丁龍別墅建設和分配得以順利解決；投入5600多萬元用於保障性住房的大規模配套和基地的後勤建設，使廖化人均居住面積增加了19.4%。更還努力提升安全環保本質可靠性水平，設立月度安全獎和效益獎，激發員工追求安全的內在動力；不斷健全完善安全管理體系，全面加強臨時作業安全監管；全力推進安全環境隱患治理，分別安排2億元和4.46億元巨額資金用於17重大安全隱患和14重大環境隱患治理項目。去年，該公司實現了零重大安全事故和零環境事故。
“四”就是穩步推進“四大建設”。為加快產業升級，耿全力抓好重點項目建設，全年完成投資22億元，建成了壹批規模大、帶動性強的重點項目。作為俄羅斯石油加工項目的主體工程——550萬噸/年常減壓蒸餾裝置，在14個月內順利建成投產，使公司成為中國最重要的俄羅斯石油加工基地之壹；80萬噸/年PTA擴建項目克服了大量建設難題，項目建設基本完成，企業以芳烴為特色的產業優勢凸顯；20萬噸/年乙二醇項目兩個反應器安裝到位，6萬噸/年裂解爐基本建成；60萬噸/年萃取裝置順利投產，實現了成功開車的目標。
“五”是指五個方面的管理得到有效加強。壹是生產運營管理更加優化和穩定。耿強調生產計劃的嚴肅性，杜絕冒險作業，不斷提高裝置運行的可靠性。他完成了5個生產車間近1個月的停工檢修任務，設備故障率同比下降7.6%。二是物資采購管理更加嚴格有效。他主張全面實施“陽光采購”工程。全年物資采購中標率達到80%，資源市場更新31.2%，降低采購成本1.8億元。三是芳烴業務實現國際化經營。他成功推出“進料加工”貿易模式，使PX產品成為公司利潤第二高的產品，全年外貿進出口額度達2.44億美元，使遼陽外貿出口增速居全省第壹。第四，人力資源管理得到有效改善。他建立了壹個藍領團隊。在去年的央企職工技能競賽中，公司獲得延遲焦化和化學分析專業組第壹名和第三名，實現三連冠。五是退休職工等群體實現組織化管理。建設“夕陽紅”活動中心，建立重大節日定期走訪制度，發放現金和實物共計400余萬元；耿還建議增加企業補充醫療保險的比例，提高住房公積金繳存基數和比例，讓職工受益。
“六”是指六種管理理念更加成熟和完善。耿認為，壹個在社會上德高望重、受人尊敬、有信譽的企業，必須體現企業的綜合社會價值，必須具有昂揚向上、勇於進取、榮辱與共、強烈責任感的企業品格。為此，他提出了新的經營理念，即:壹個經營理念、壹個工作方針和四個文化理念。壹個經營理念就是產品貢獻給社會，效益留在企業，員工得到切實的回報，國家、集體、個人利益平衡。壹個工作原則就是“在發展中推進改革，在改革中保持穩定”，妥善處理和解決改革、發展、穩定的關系。四個文化理念，即:生產理念是安全、穩定、長期、按計劃進行，生產以計劃為基礎，強調計劃的嚴肅性，銷售以效率為基礎，強調價值最大化；安全理念，強調以人為本，生命至上，維護員工切身利益；管理哲學，強調管理中的“規定行為”，避免“可選行為”，把制度放在第壹位，管理者放在第二位；人才觀是成長型企業需要有效的員工，強調壹流的人才打造壹流的企業，壹流的企業創造壹流的效益，壹流的效益留住壹流的人才。
耿用上述思想統壹了員工的意誌，凝聚了各方的力量，實現了從嚴格管理到科學管理、文化管理的跨越。“建築不是木頭做的；海之潤物，非壹等之回報。”耿深知這壹點。他嚴格遵守民主集中制的規定，發揮整體合力。他堅持讓員工從企業發展的成果中受益，公司和諧局面初步形成。目前，遼陽石化已成為遼陽經濟發展最重要的引擎。耿正以他的勇氣、膽識和企業家的人格魅力，帶領全體員工創建效益型企業、和諧型企業、安全型企業，為地方經濟的繁榮而奮鬥。
2008年6月5日至2009年2月，耿調任中國昆侖工程公司黨委書記。