魯樞元的《超越語言》壹書於1990年出版，1994年再次印刷，引起強烈反響，推動了國內創作界、評論界對文學言語學研究的關註。作家王蒙發表專文稱“非常欣賞這部寫得相當漂亮的書”（《讀書》1992），作家韓少功則說此書“足可以‘西漸’入侵歐美”（《作家》1993），評論家白燁認為此書的出版，“在某種程度上表明了當代文藝學研究將跨越對西方文論的橫向借鑒的自我構建的開始”，“它又標示著中年壹代理論家在認真、刻苦的理論探索中正日益走向成熟”（《文藝爭鳴》1990）。直到目前，此書仍然被壹些大學列為攻讀博士學位的必讀書書目。
近十多年來，魯樞元把他的研究重心轉移到對當代社會人類精神生態的研究中來。在他看來，日益威逼著人類命運的地球生態問題，如果不把人的精神因素考慮進去，就永遠不能得到解決。他試圖將“生態”觀念植入文藝學、美學的機體，將“詩意”註入現代生態學系統，把自然生態、社會生態、精神生態三者看作壹個有機完整的系統加以綜合的比較研究，從而為現代社會的健康發展提供新的理論依據。他圍繞這壹課題出版、發表的壹些著述開始引起讀書界的強烈反響，《人民日報》、《光明日報》、《文匯報》、《中華讀書報》、《文匯報讀書周報》、《文藝報》、《中國社會科學報》、《文學報》、《文論報》、《文學評論》、《文藝研究》、《文藝理論研究》、《東方藝術》、《美與時代》等報刊均發表有評介文章，認為魯樞元的研究為中國當代生態批評起到了奠基作用。（見《光明日報》2007.6.22）
他於1999年至2009年期間創辦的《精神生態通訊》已印行60多期，為聯絡海內外學者、促進該學科的建設起到了推動作用。
魯樞元調入蘇州大學後，組織並主持召了“中國首屆生態文藝學學科建設研討會”、“生態時代與文學藝術——田野考察及學術交流會議”，在國內引起較大反響。
魯樞元在此期間還較為圓滿地完成了所承擔的國家社會科學基金項目《自然在中國文學中的地位及其演替》（批準號：03BZW007），成果被鑒定為“優秀”。