全球環境基金管理著不同的信托基金，它們分別是：全球環境基金信托基金（GEF）、最不發達國家信托基金（LDCF）、氣候變化特別基金（SCCF）和名古屋議定書執行基金（NPIF）。全球環境基金還臨時性承擔適應基金秘書處的工作。
全球環境基金(GEF)信托基金
信托基金根據捐資承諾每4年增資壹次。捐資承諾也是每4年壹個周期。基金可用於增資討論會上確定的全球環境基金重點資助領域的各項活動。
在前五個增資期內，全球環境基金信托基金收到的捐資總額為152.25億美元。第六個增資期（2014年7月-2018年6月）獲得捐資承諾44.33億美元。
資金來源：自成立以來，全球環境基金信托基金***接收了來自39個捐資國的資金
氣候變化特別基金(SCCF)信托基金
目的：支持加入《聯合國氣候變化框架公約》的所有發展中國家的適應和技術轉讓，支持水資源管理、土地管理、農業、衛生、基礎設施建設、包括山地生態系統在內的脆弱生態系統及沿海地區綜合管理領域的中、短期適應行動。
ESTd 2001定義: 資助與氣候變化有關的行動、項目和措施的自願信托基金，為全球環境基金氣候變化重點領域資金資助的項目以及雙邊和多邊資金資助的項目進行資金補充。
基金來源：已有15個國家做出捐資承諾。
最不發達國家(LDCF)信托基金
《聯合國氣候變化框架公約》下建立的信托基金，旨在解決特別容易受到氣候變化不利影響的51個最不發達國家的特殊需求。
最不發達國家信托基金用於降低事關最不發達國家發展與生計的部門和資源的脆弱性，如：水、農業和食品安全，醫療衛生，疾病風險管理與預防，基礎設施，脆弱的生態系統等。
負責為制定和實施國家適應行動計劃(NAPAs)提供融資。國家適應行動計劃利用現有信息確定國家適應行動的重點。最不發達國家信托基金是強制性用於資助國家適應行動計劃的制定與實施的唯壹現有基金。
基金來源：已有25個國家做出捐資承諾。
名古屋議定書執行基金
目標：向已經簽署、準備簽署和準備批準《獲取遺傳資源和公正、公平分享其利用所產生的惠益的名古屋議定書》（《名古屋議定書》）的國家提供支持，以加速《議定書》的批準和實施。該信托基金為制定和實施涉及特別是私人部門的遺傳資源獲取和惠益分享（ABS）協議提供支持。
ESTd 2001定義：壹項可獲得多國政府和私營部門捐資的多捐助者信托基金，用於鼓勵有興趣探索遺傳資源經濟潛力的私營實體參與基金資助，加快適當技術的轉讓。通過實施這類項目，相關國家應該總結更多有助於了解自身能力以及資源獲取與惠益分享需求的信息，重點在影響遺傳資源的現行政策和法律、法規方面。基金來源：日本、瑞士、法國和英國已承諾向名古屋議定書執行基金捐資1485萬美元。
適應信托基金
建立適應基金的目的是資助那些加入了《京都議定書》並特別容易受到氣候變化不利影響的發展中國家的具體適應項目和適應計劃。在清潔發展機制（CDM）下，在發展中國家實施的減排項目可以獲得認證減排（CER）信用，這種信用可以由工業化國家進行交易和銷售，以部分實現他們在《京都議定書》下的減排目標。
適應基金融資主要來源於認證減排信用的銷售。信用交易的收益額相當於每年向清潔發展項目發放的認證減排信用價值的2%。該基金還接收來自各國政府、私營部門和個體的捐資。適應基金由適應基金董事會負責監督和管理。