根據上述職責，市人力資源和社會保障局設16個內設機構：
（壹）辦公室（機關黨委辦公室）。
負責綜合性政策調研和綜合性文件的起草；負責機關會議組織、文秘、檔案、安全、保密、政務公開、信息等行政事務工作；負責機關和指導直屬單位的紀檢監察、機構編制、人事管理、計劃生育、離退休人員服務以及其他黨群工作。
（二）綜合計劃與政策法規科。
擬訂人力資源和社會保障事業發展規劃、年度計劃及有關貫徹實施辦法、規範性文件並指導組織實施；承擔機關事業單位人員的綜合管理工作；擬訂機關事業單位後勤服務人員社會化管理措施；承擔機關、事業單位工資統計與綜合分析工作；承擔有關信息規劃、統計管理、數據發布和法制宣傳工作；承辦依法行政和法制建設工作，承辦行政復議、行政應訴和執法監督等法制工作。
（三）財務與基金監督科。
承擔人力資源和社會保障資（基）金財務管理辦法監督實施工作；會同有關部門編制人力資源和社會保障資（基）金預決算；編制部門經費預決算並管理相關專項經費；組織預算執行情況的績效評價工作；綜合平衡社會保險調劑基金和就業資（基）金；監督社會保險基金管理；負責審計工作。
（四）就業促進科。
組織落實勞動者平等就業、農村勞動力轉移就業和跨地區有序流動政策；參與擬訂專項就業資金使用管理規範；貫徹落實高校畢業生就業政策；擬訂就業援助和特殊群體就業措施；承擔外企就業服務機構和社會中介機構的設立初審和管理工作；擬訂人力資源市場發展規劃。
（五）軍官轉業安置科（市軍隊轉業幹部安置工作領導小組辦公室）。
貫徹執行軍隊轉業幹部安置工作政策法規；擬訂全市軍隊轉業幹部分配計劃並協調落實；貫徹落實部分企業軍隊轉業幹部有關解困和穩定的政策；承擔自主擇業軍隊轉業幹部管理服務工作；承擔市軍隊轉業幹部安置工作領導小組的日常工作。
（六）調解仲裁管理科（市勞動人事爭議仲裁委員會辦公室）。
統籌擬訂勞動、人事爭議調解仲裁工作的實施規範；指導開展勞動、人事爭議預防工作；管理調解員、仲裁員，組織仲裁庭審工作；指導、監督勞動人事爭議調解、仲裁工作；承擔市勞動人事爭議仲裁委員會的日常工作。
（七）培訓教育科。
擬訂職業技能分類、職業技能地方標準；指導、協調和管理專業技術人員職業資格培訓工作；承擔職業培訓機構的認定工作；組織承擔技工學校辦學資格初審、申報和指導管理工作；擬訂培訓專項資金使用管理規範；承擔企事業單位管理人員繼續教育、軍隊轉業幹部教育、市直行政機關公務員以及農村勞動力等培訓工作。
（八）專業技術人員管理科。
貫徹落實專業技術人員管理政策；承辦深化職稱制度改革事宜；組織實施和指導管理專業技術資格和執業資格考試制度以及專業技術職務評聘制度；承擔有突出貢獻專家、享受政府特殊津貼專家和學科帶頭人的綜合管理工作；管理、協調智力引進工作。
（九）事業單位人事管理科。
指導事業單位人事制度改革和人事管理工作；擬定事業單位人事制度改革方案及事業單位人員管理政策並組織實施；承辦事業單位崗位設置方案的核準、崗位聘用及備案事宜；承擔事業單位工作人員的考核、獎懲有關工作；承擔市直事業單位招收聘用制幹部相關工作。
（十）勞動關系與工資福利科。
貫徹落實機關事業單位人員工資福利分配和離退休政策；承擔市直機關事業單位人員晉級增資審核工作；擬訂機關事業單位工勤崗位等級規範並組織實施；承擔機關事業單位人員退休辦理工作；擬訂機關事業單位退休人員管理辦法並指導實施；承擔企事業單位績效工資總量的核定工作；承擔企業相關人員工資水平調查的統籌協調與組織實施；綜合協調外商投資企業的勞動工資政策；審核市屬和中央、省駐陽江企業的工資總額和主要負責人的工資標準；擬訂勞動關系調整措施、制度建設、勞動合同、集體合同的實施規範；指導勞動關系處理工作；指導和協調企業關閉、破產、改制等職工分流安置工作；指導勞動標準制定工作；貫徹執行禁止非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策。
（十壹）養老失業保險科。
統籌擬訂基本養老保險、失業保險政策並組織實施；承擔審批正常退休和政策性提前退休的有關工作；擬訂企業退休人員社會化管理服務的政策、規劃和標準並組織實施;擬訂養老失業保險基金調劑、使用、管理政策和失業保險調劑金分配計劃；擬訂失業人員在領取失業保險金期間患病、生育、死亡等有關待遇政策。
（十二）醫療工傷保險科（市勞動能力鑒定委員會辦公室）。
擬訂醫療保險、工傷保險、生育保險基金管理辦法並組織實施；組織擬訂基本醫療保險、生育醫療的藥品、診療和醫療服務設施的範圍和支付標準；承擔市直公費醫療管理工作；組織擬定定點醫療機構、藥店、康復機構、康復器具安裝機構的資格審定標準和管理政策；負責工傷認定工作；組織擬訂勞動能力鑒定相關政策並依法實施。
（十三）農村社會保障科。
擬訂農村社會養老保險和被征地農民社會保險的基本政策、發展規劃和標準並組織實施；會同有關部門擬訂農村社會養老保險和被征地農民養老保險基金管理制度、運營辦法和經辦機構的管理規則；參與指導、監督農村社會養老保險和被征地農民養老保險基金的征繳、待遇的核發工作。
（十四）新型農村合作醫療管理科。
貫徹落實國家、省、市有關建立新型農村合作醫療保障制度的政策措施；負責新型農村合作醫療的宏觀指導和綜合管理；監控新農合資金的運作；對全市農村醫保定點醫療衛生機構的服務行為進行監督檢查、考核評價；組織制訂有關政策、補償方案和各項管理規定，並協調、組織、指導、實施；負責城鄉居民醫保壹體化政策的制定、宏觀指導和綜合管理。
（十五）公務員管理科。
組織實施公務員綜合管理等方面的法律法規；組織實施和監督檢查事業單位工作人員參照公務員法管理、聘任制公務員管理等相關工作；辦理市直機關公務員及參照公務員法管理單位工作人員的錄用、考核、獎勵、調任、轉任、日常登記和職位設置、非領導職務職數核定等工作；承辦市政府任免工作人員有關事宜；指導市直行政機關公務員及參照公務員法管理單位工作人員培訓工作。
（十六）勞動監察科。
擬訂勞動監察制度、執法規範和標準；依法受理舉報投訴；承擔處理人民群眾來信來訪工作；依法行使人力資源和社會保障監督檢查權；指導和監督下級人力資源和社會保障部門的行政執法工作；組織查處有關勞動、人事重大案件，處理有重大影響的群體性突發事件。
（十七）合同制職員管理科。
指導實施機關事業單位合同制職員管理政策，承擔市直機關事業單位合同制職員的聘用、解聘、辭聘、勞動工資、檔案管理等工作。