在基金的運作過程中，有壹些必要的開支需基金承擔，其中基金管理費和基金托管費是基金支付的主要費用。
基金管理費是支付給基金管理人的管理報酬，其數額壹般按照基金凈資產值的壹定比例，從基金資產中提取。基金管理人是基金資產的管理者和運用者，對基金資產的保值和增值起著決定性的作用。因此，基金管理費收取的比例比其他費用要高。基金管理費是基金管理人的主要收入來源，基金管理人的各項開支不能另外向基金或基金公司攤銷，更不能另外向投資者收取。在_外，基金管理費通常按照每個估值日基金凈資產的壹定比例（年率）、逐日計算，定期支付。
管理費費率的高低與基金規模有關，壹般而言。基金規模越大，基金管理費費率越低。但同時基金管理費費率與基金類別及不同_家或地區也有關系。壹般而言，基金風險程度越高，其基金管理費費率越高，其中費率最高的基金為證券衍生工具基金，如認股權證基金的年費率為1．5％～2．5％。最低的要算貨幣市場基金，其年費率僅為0.5％～1％。香港基金公會公布的其他幾_基金的管理年費率為：債券基金年費率為0.5％～15％，股票基金年費率為l％～2％。在美_等基金業發達的_家和地區，基金的管理年費率通常為1％左右。但在壹些發展中_家或地區則較高，如我_臺灣的基金管理年費率壹般為1．5％，有的發展中_家的基金管理年費率甚至超過3％。我_目前的基金管理年費率為2.5％。
為了激勵基金管理公司更有效地運用基金資產，有的基金還規定可向基金管理人支付基金業績報酬。基金業績報酬，通常是根據所管理的基金資產的增長情況規定壹定的提取比率。至於提取的次數，香港規定每年最多提取壹次。
基金托管費，是指基金托管人為基金提供服務而向基金或基金公司收取的費用。托管費通常按照基金資產凈值的壹定比例提取，逐日計算並累計，至每月末時支付給托管人，此費用也是從基金資產中支付，不須另向投資者收取。基金的托管費計人固定成本。基金托管費收取的比例與基金規模和所在地區有壹定關系，通常基金規模越大，基金托管費費率越低。新興市場_家和地區的托管費收取比例相對要高。托管費年費率_際上通常為0．2％左右，美_壹般為0.2％，我_內地及臺灣、香港則為0.25％。必須指出的是，基金管理費和托管費是管理人和托管人為基金提供服務而收取的報酬，是管理人和托管人的業務收入。管理費和托管費費率壹般須經基金監管部門認可後在基金契約或基金公司章程中訂明，不得任意更改。基金管理人和托管人因未履行或未完全履行義務導致的費用支出或基金資產的損失，以及處理與基金運作無關的事項_生的費用、不得列入基金管理費和托管費。