醫院的結余按資金用途的不同分為:經常性收支結余和專項財務結余。經常性收支結余分為醫療結余、藥品結余和其他結余。
(1)醫療結余是壹定時期內醫療收入與醫療支出的余額，用“收支平衡-醫療結余”科目核算。通常情況下，本課程不入賬。只有在期末(通常是年末)才將“醫療收入”的余額轉入本科目的貸方，將“醫療支出”的余額轉入本科目的借方。本科目貸方余額為當期實現的余額，借方余額為當期需要彌補的差額。年終，單位應將當年實現的全部余額轉入“余額分配”科目。結轉後，本科目無余額。
(2)藥品結余是壹定時期內藥品收入與藥品支出相抵後的余額，用“收支結余——藥品結余”科目核算。通常情況下，本課程不入賬。只有在期末(壹般是年末)才將“藥品收入”余額轉入本科目貸方，“藥品支出”余額轉入本科目借方。本科目貸方余額為當期實現的余額，借方余額為當期需要彌補的差額。年終，單位應將當年實現的全部余額轉入“余額分配”科目。結轉後，本科目無余額。
(3)其他結余是醫院壹定時期以後的其他收入和其他支出的結余，用“收支結余~其他結余”科目核算。通常情況下，這個賬是不算的。只有在期末(壹般是年末)，其他收入的余額才轉入本科目的貸方，其他費用的余額才轉入本科目的借方。本科目貸方余額為當期實現的余額，借方余額為當期需要彌補的差額。年終，單位應將當年實現的全部余額轉入“余額分配”科目。結轉後，本科目無余額。
(4)專項財政結余是壹定時期內醫院專項財政收入和專項財政支出相抵後的余額，用“專項財政收支結余”科目核算。財政專項結余應按各專項分別計算，其計算公式為:
項目專項結余=項目專項撥款-項目專項撥款支出(相關部分)-項目專項撥款(相關部分)
2.醫院結余的核算
2.1余額核算前要做的三項工作
(1)清理核對年度預算收支和各種繳款。財政部門與上級單位之間的年度預算和應上繳、下撥的資金，要按規定逐筆清理結算，確保年度預算、下撥資金數額和上繳、下撥數額壹致。
(2)清理往來賬戶。按規定應折算成各種收入或支出的往來賬戶不能掛靠往來賬戶，本年度的各項收入和支出應及時入賬，計入當年的收入和支出。
(3)分別計算余額，不要相互混淆。①醫療結余的核算:“收支結余-醫療結余”核算壹定時期內醫療收入和醫療支出的結余。②藥品結余的核算:“收支結余-藥品結余”科目核算壹定時期內藥品收入和藥品支出的結余。③其他結余的核算:“收支結余-其他結余”科目核算醫院在壹定時期內的其他收入和其他支出的結余。④專項財政結余的核算:“收支結余-專項財政結余”科目核算壹定時期內專項財政收支的結余。
2.2國際收支的分配程序
醫院業務收入和支出的結余，應按醫院財務制度的規定和各省(市、自治區)制定的分配比例，分配給職工福利基金和事業基金。
《事業單位財務規則》規定，醫院專項財務結余不參與結余分配。
“結余分配”核算當年醫院結余分配的情況和結果。債權人登記結轉和待分配余額，借方登記余額分配，年末借方余額反映收入和支出余額的累計分配情況。年度終了，由“財政專項補貼結余”轉出“收支結余”科目的余額時，借記“收支結余”科目，貸記本科目，結轉後該科目無余額。
“余額分配”科目壹般應設置以下明細科目:職工福利基金、轉入企業基金、企業彌補虧損基金和待分配余額。當余額轉入時:
借方:收入和支出的差額
貸項:余額分配
分配時，會計分錄如下:
(1)提取職工福利基金:按財務部門核定的比例提取職工福利基金。
借:將余額轉入職工福利基金。
貸款:專用基金-職工福利基金
(2)轉入業務基金:
在醫院資金運動過程中，公用資金起著“蓄水池”的作用，用於調節年度間的收支平衡。所以提取職工福利基金後的余額全部轉為公益金。如果收入大於支出，將繼續增加業務基金。支出大於收入的，用上年事業經費補足差額。年初確定預算時，如果支出安排有缺口，也可以直接安排壹部分業務經費彌補差額。
上述分配後，余額全額轉入事業基金普通基金。
借方:將余額分配給商業基金。
貸款:公共基金-普通基金
若醫院當年“業務結余”出現負結余，則“結余分配”科目出現借方余額，經批準後可由業務基金彌補。
借:業務基金-普通基金
貸:差額分配企業基金彌補虧損。
醫院作為具有壹定福利政策的公益事業，是非營利性單位。但不盈利不等於不盈利，尤其是目前我國社會主義市場經濟已經建立。隨著醫院的發展和醫院業務的擴大，在保證社會效益的前提下，醫院越來越重視醫院的經濟效益。因此，醫院應加強對結余的管理、核算和控制，真實準確地核算和反映醫院業務收支結余損失的形成，為決策者提供信息，及時發現業務過程中存在的問題和管理中的薄弱環節，促進醫院加強經濟核算，提高管理水平。