從國際經驗和我國農村信用社（包括農村合作基金會）的實踐來看，傳統合作制度在產權模式上存在著壹定的弊端。
主要問題是產權不明晰，難以有效分割和界定社員個人的產權。如農村信用社多年的積累就沒有劃分，而農村合作基金會的產權則非常混亂，名義上“人人所有”，實際上“人人都無”，大多數被鄉鎮政府及其部門實際控制。在管理上“壹人壹票”的制度未得到執行，連“三會”治理結構都是虛置的。
農村資金互助社按照合作社制度框架對產權模式做出了如下創新：
在股權設置上，社員積累量化到個人，連同股金***同作為社員的個人權益，並以其為限對農村資金互助社承擔責任。在投票權上，除基本投票權外增加了附加投票權。為保證股金穩定，設置了四項限制，即社員提出退股申請，農村資金互助社當年盈利，退股後農村資金互助社資本充足率不低於8%；在本社沒有逾期未償還的貸款本息四個條件方可退股，確保股金的穩定和資本充足。
（二）經營管理
在經營管理上，農村信用社和農村合作基金會由於實際控制人為政府，在經營管理上主要體現 為上級控制下級或者壹人獨大，農村資金互助社實行民主管理。如在基金會的實際運作中，大多數地方在推行大包幹以後沒有再深化農村改革，沒有進行產權相對清晰的“社區股份合作制”改制。因此，農民作為集體成員，對集體資金事實上喪失了控制權。尤其是在推行“村有鄉管”的條件下，鄉鎮政府可以通過下屬“經管站”直接將集體資金劃入合作基金會，以基金會的名義開展信用活動。這壹切甚至完全不必征得村級集體經濟組織同意。因此，在鄉鎮及其以上建立的合作基金會，農民和村集體經濟組織並沒有控制權，導致基金會管理上的壹家獨大。
（三）風險控制
農村信用社和農村合作基金會由於除了少量的股金外，其資金來源主要是靠吸收公眾存款或高息吸收公眾存款，加上自律能力較弱，民主管理、民主決策、民主監督機制缺乏，其風險控制能力較弱