中國生物多樣性保護與綠色發展基金會，最早起源於中國麋鹿綠會。
中國麋鹿綠會是由麋鹿重引進項目開始，該項目的背景是，1900年八國聯軍攻陷北京大肆劫掠，加之永定河水泛濫，使當時北京南郊皇家獵苑中世界上僅有的200多頭麋鹿種群在中國消失殆盡。1901年，英國的貝福特公爵在歐洲先後收集了18頭麋鹿，以半野生的方式集中放養在英國的烏邦寺莊園內，使得劫後余生的麋鹿小種群得以生存繁衍。1985年5月，英國烏邦寺莊園主人塔維斯托克候爵為了表示中英友好，先後將38頭麋鹿和部分贊助資金送給中國。麋鹿重引進項目在當時的國家環保局和北京市政府支持下立項，並出資在北京南海子原清朝皇家獵苑原址辟地千畝，建立北京麋鹿生態實驗中心——即北京南海子麋鹿苑和麋鹿博物館。為了更好地配合麋鹿重引進工作，在時任政協副主席呂正操、包爾漢、錢昌照等同誌的支持下，經時任國家環保局副局長金鑒明同誌和時任北京市科學技術委員會副主任、北京市科學技術研究院院長季延壽等同誌努力，由中華人民***和國民政部、中國人民銀行、中國科協批準成立了中國麋鹿綠會。
中國麋鹿綠會成立後，積極面向全社會開展各項工作，並取得了良好的效果。到1993年，南海子麋鹿苑中的麋鹿已從38頭繁育為200余頭，成為僅次於英國烏邦寺莊園的世界第二大麋鹿種群，並在湖北石首的長江故道進行首次野生放養，並獲得成功。現在麋鹿已遍及大江南北，長城內外，黃河兩岸50多個放養點，實現了麋鹿回歸大自然。
國際動物保護組織公認中國麋鹿重引進項目獲得成功，堪稱世界物種重引進成功範例。1992年6月在巴 西裏約熱內盧召開有史以來規模最大的聯合國環境與發展大會，有183個國家和地區參加，通過了《生物多樣性公約》，我國成為《公約》締約國之壹。會後，時任中國麋鹿綠會理事長的呂正操同誌和壹批專家認為麋鹿的重引進項目已獲得成功，應將單壹物種保護擴展為整個生物多樣性保護，這將有利於與國際接軌，推動我國生物多樣性保護事業、加強國際間交流與合作。此建議經時任國務院副總理的溫家寶同誌批示，於1997年報中國科協批準，由國家民政部登記註冊正式將“中國麋鹿綠會”更名為“中國生物多樣性保護綠會”。