醫院實行院系合壹體制，承擔臨床本科、碩士、博士研究生的教學任務。醫院目前擁有3個博士學位授權點(中醫婦科、中醫內科學、中西醫結合臨床實踐)、8個碩士學位授權點(中醫內科學、中醫外科、中醫兒科、中醫骨傷科、中醫五官、針灸推拿、中西醫結合)。專業涵蓋了中醫學、中西醫結合等壹級學科下的全部兩個學科，在學位授權點建設上呈現出良好的發展勢頭。特別是2003年中西醫結合臨床專業的設立，實現了我院高級人才培養的歷史性突破，成為我院學位與研究生教育發展史上的裏程碑。醫院現有博士生導師25人，碩士生導師94人。導師規模迅速擴大，年齡結構年輕化，學歷結構高級化。有力地推動了研究生導師隊伍建設，是我校研究生教育發展的根本保證。1國家重點學科:中醫婦科；國家中醫藥管理局重點學科2個:中醫婦科、中醫內科(內分泌)；省教育廳重點學科4個:中醫婦科、中醫內科、中醫骨傷科、中西醫結合臨床醫學；省人事廳重點學科(2)中醫心血管內科中醫消化內科；省級中醫藥管理局重點學科(6個):中醫耳鼻喉科、中西醫結合神經內科、中西醫結合腎內科、中西醫結合呼吸科、中西醫結合內分泌科、中醫皮膚科。
醫院堅持科技興院。國家中醫藥管理局有2個中醫藥科研實驗室(三級)，即中藥藥理實驗室(婦科)和分子生物學實驗室，1個省級研究所(心肺疾病研究所)。“十五”期間，臨床醫學院立項168，已完成95項，在研71項。其中，國家自然科學基金項目3項；1高校博士點專項研究基金項目；國家中醫藥管理局科研基金項目6項；黑龍江省自然科學基金項目15；省重點科研項目16；市科委21科研基金項目；16省教育廳科研基金項目；省中醫藥局科研基金項目29項；中醫藥大學科研基金項目61，科研經費總額430.6萬元。* * *獲各級成就獎53項。其中，省政府二等獎5項；三等獎14；國家科學技術獎三等獎4項；局級壹等獎6項；二等獎11；三等獎13。黑龍江中醫藥大學第二附屬醫院是黑龍江省針灸推拿康復龍頭單位，國家中醫中風醫學中心建設單位，黑龍江省平安建設“平安醫院”，黑龍江省衛生系統民主評議醫院作風“最佳單位”，黑龍江省“百家信得過醫院”，黑龍江省“三好醫院”。
醫院位於哈爾濱市南崗區尼古拉·果戈理街，占地面積7000平方米。設有內科、外科、婦科、兒科、針灸、推拿、康復科、骨科等40多個臨床科室，床位500張，最大日接診量2000人次。
全院職工667人，其中全日制高職高專38人，副高職高專72人，中級職稱133人。博士25人，碩士89人。黑龍江省有15名中醫，黑龍江中醫藥大學有15名中醫。醫院擁有的針灸推拿科為省級A級重點學科和國家局級重點學科，中醫婦科為省級重點學科，中醫康復科、中醫骨傷科、中醫推拿科、中醫肝膽病科為省級重點學科；腦病科、康復科為國家局級重點專科，中風、頸肩腰腿痛、風濕病為省級局級重點專科。醫院擁有3個壹級學科博士授權點，4個壹級學科碩士授權點，17個二級學科博士授權點，28個二級學科碩士授權點。主持各級科研項目322項，獲各級科研成果獎49項。其中“針刺頸部穴位治療真性延髓麻痹的臨床應用研究”項目獲國家科技進步二等獎，真正結束了真性延髓麻痹無法治愈的歷史，開創了中醫針灸治療疑難危重疾病的又壹領域，學術水平居國內外首位，發展了中醫科學針灸的學術理論。
在專科疾病建設上，醫院形成了“院有優勢、科有特色、人有專長、病有專科藥”的發展格局，已應用於顱腦損傷、中風偏癱、延髓麻痹、脊髓損傷、截癱、股骨頭缺血性壞死、老年性骨關節病、頸腰椎病、肝膽疾病、心血管疾病、外周血管疾病、糖尿病、風濕病、腫瘤、不孕癥等。
前進醫院以卓越的醫療質量、特色的醫療服務、優秀的管理模式、先進的教學方法、創新的科研成果，以培養名醫、建立名科、開發名藥、建設名院為目標，立足省內、面向國內外市場，全面推進醫院的發展建設；二院全體人員以嚴謹的科學態度，團結奮進，朝氣蓬勃，開拓求實，吸收創新，弘揚中醫文化精髓，拓展現代中醫風格，全心全意為人民健康事業貢獻力量！