為深入貫徹黨的十八大和十八屆二中、三中、四中全會精神，落實創新驅動發展戰略，按照深化科技體制改革、財稅體制改革的總體要求和《中***中央 國務院關於深化科技體制改革 加快國家創新體系建設的意見》（中發〔2012〕6號）、《國務院關於改進加強中央財政科研項目和資金管理的若幹意見》（國發〔2014〕11號）的精神，科技部、財政部在充分征求各有關部門（單位）和專家意見的基礎上，聯合制定了《關於深化中央財政科技計劃（專項、基金等）管理改革的方案》（以下簡稱《改革方案》），已經黨中央、國務院批準，2014年12月3日正式印發。 建立公開統壹的國家科技管理平臺，是本次科技計劃管理改革的亮點。各政府部門通過統壹的科技管理平臺，構建決策、咨詢、執行、評價、監管等各環節職責清晰、協調銜接的新管理體系。具體內容包括：聯席會議制度（壹個決策平臺）,專業機構、戰略咨詢與綜合評審委員會、統壹的評估和監管機制（三大運行支柱），國家科技管理信息系統（壹套管理系統）。
聯席會議制度由科技行政主管部門牽頭，財政、發展改革等相關部門參加，充分發揮各部門的作用，形成統籌協調與決策機制。聯席會議是實現對科技計劃（專項、基金等）統壹管理的關鍵。其主要作用體現在：首先是形成相關各方的合力，科技行政主管部門與相關行業主管部門和地方加強溝通協調，圍繞國家科技發展重大戰略任務、行業和區域發展需要，研究凝練形成科研任務需求，經聯席會議充分討論後按程序確定，相關各方在科研任務組織實施過程中及時跟進，產生的科技成果在行業和區域內應用示範。其次是建立***同參與、***同決策的議事機制，聯席會議由各相關部門***同組成，***同審議科技發展戰略規劃、科技計劃（專項、基金等）的布局與設置、重點任務和指南、戰略咨詢與綜合評審委員會的組成、專業機構的遴選擇優等事項。第三是形成統壹的決策程序，壹般事項經聯席會議議定後即可實施；重大事項需經國家科技體制改革與創新體系建設領導小組審議，按程序報國務院，特別重大事項報黨中央，確保科技計劃（專項、基金等）的實施符合國家重大戰略需求。
政府職能轉變，從項目的日常管理和資金的具體分配中解放出來後，將依托專業機構具體管理項目。對專業機構的遴選：主要是對現有具備條件的科研管理類事業單位進行改造，形成若幹符合要求的規範化的項目管理專業機構，並鼓勵具備條件的社會化科技服務機構參與競爭，推進專業機構的市場化和社會化。專業機構的任務是：通過統壹的國家科技管理信息系統受理各方面提出的項目申請，組織項目評審、立項、過程管理和結題驗收等，對實現任務目標負責。
《改革方案》首次提出在國家層面設立戰略咨詢與綜合評審委員會，充分體現了科學決策、民主決策的原則。委員會的組成具有代表性，不僅有科技界的專家，也有產業界和經濟界的專家，反映各方面對科技創新的需求。委員會要有戰略高度，跟蹤國際科技發展和產業變革趨勢，對科技發展戰略、規劃、重大任務和重大科技創新方向的選擇等方面提出咨詢意見，為聯席會議提供決策參考。另外，委員會對制定統壹的項目評審規則、建設國家科技項目評審專家庫、規範專業機構的項目評審等工作也要提出意見和建議，還可以接受聯席會議委托，對特別重大的科技項目組織開展評審。
政府部門在簡政放權的同時，將進壹步加強對科技計劃（專項、基金等）的實施績效等組織評估評價和監督檢查。具體舉措包括：科技行政主管部門和財政部門對科技計劃（專項、基金等）的實施績效、戰略咨詢與綜合評審委員會和專業機構的履職盡責情況等統壹組織評估評價和監督檢查，並根據結果提出動態調整意見，經聯席會議審議後按程序報批；完善科研信用體系建設和“黑名單”制度，建立對主管部門和專業機構工作人員的責任倒查機制，開展“壹案雙查”，即在查處追究有關承擔單位和個人責任的同時，倒查主管部門和專業機構是否存在管理漏洞，是否有工作人員在項目管理中存在瀆職或以權謀私等行為；各有關主管部門要負起責任，對所屬單位承擔科技計劃（專項、基金等）任務的執行情況和資金使用情況加強日常監管；加強對科技計劃（專項、基金等）財政資金管理使用的審計監督，對發現的違規違法行為嚴肅查處，並將查處結果向社會公開。
《改革方案》明確要求，要通過統壹的國家科技管理信息系統，對中央財政科技計劃（專項、基金等）的需求征集、指南發布、項目申報、立項和預算安排、監督檢查、結題驗收等全過程進行信息管理，並按相關規定主動向社會公開信息，接受公眾監督，讓資金在陽光下運行。分散在各相關部門、尚未納入國家科技管理信息系統的項目信息要盡快納入，已結題的項目要及時納入統壹的國家科技報告系統。不納入國家科技管理信息系統和國家科技報告系統並向社會公開的，中央財政將不予以資助。 在對我國現有科技計劃（專項、基金等）的實施和管理情況進行深入調研的基礎上，根據新科技革命發展趨勢、國家戰略需求、政府科技管理職能和科技創新規律，《改革方案》提出優化中央財政科技計劃（專項、基金等）布局，整合形成五類科技計劃（專項、基金等）。
壹是國家自然科學基金。資助基礎研究和科學前沿探索，支持人才和團隊建設，增強源頭創新能力。進壹步完善管理，加大資助力度，向國家重點研究領域輸送創新知識和人才團隊；加強基金與其他類科技計劃的有效對接。二是國家科技重大專項。聚焦國家重大戰略產品和產業化目標，解決“卡脖子”問題。進壹步改革創新組織推進機制和管理模式，突出重大戰略產品和產業化目標，控制專項數量，與其他科技計劃（專項、基金等）加強分工與銜接，避免重復投入。三是國家重點研發計劃。針對事關國計民生的重大社會公益性研究，以及事關產業核心競爭力、整體自主創新能力和國家安全的重大科學技術問題，突破國民經濟和社會發展主要領域的技術瓶頸。將科技部管理的國家重點基礎研究發展計劃、國家高技術研究發展計劃、國家科技支撐計劃、國際科技合作與交流專項，發改委、工信部***同管理的產業技術研究與開發資金，農業部、衛計委等13個部門管理的公益性行業科研專項等，整合形成壹個國家重點研發計劃。當前，從“科學”到“技術”到“市場”演進周期大為縮短、各研發階段邊界模糊，技術更新和成果轉化更加快捷。為適應這壹新技術革命和產業變革的特征，新設立的國家重點研發計劃，著力改變現有科技計劃按不同研發階段設置和部署的做法，按照基礎前沿、重大***性關鍵技術到應用示範進行全鏈條設計，壹體化組織實施。該計劃下，將根據國民經濟與社會發展的重大需求和科技發展優先領域，凝練設立壹批重點專項，瞄準國民經濟和社會發展各主要領域的重大、核心、關鍵科技問題，組織產學研優勢力量協同攻關，提出整體解決方案。四是技術創新引導專項（基金）。按照企業技術創新活動不同階段的需求，對發改委、財政部管理的新興產業創投基金，科技部管理的政策引導類計劃、科技成果轉化引導基金，財政部、科技部等四部委***同管理的中小企業發展專項資金中支持科技創新的部分，以及其他引導支持企業技術創新的專項資金（基金）進行分類整合。現階段，我國企業的創新能力依然薄弱，尚未真正成為創新決策、研發投入、科研組織和成果應用的主體，政府應當充分發揮市場配置技術創新資源的決定性作用，通過技術創新引導專項（基金），采用天使投資、創業投資、風險補償、後補助等引導性支持方式，激勵企業加大自身科技投入，促進科技成果轉移轉化，不斷提高企業技術創新能力。五是基地和人才專項。對科技部管理的國家（重點）實驗室、國家工程技術研究中心、科技基礎條件平臺、創新人才推進計劃，發改委管理的國家工程實驗室、國家工程研究中心、國家認定企業技術中心等合理歸並，進壹步優化布局，按功能定位分類整合。加強相關人才計劃的頂層設計和相互銜接。在此基礎上調整相關財政專項資金。基地和人才是科研活動的重要保障，相關專項要支持科研基地建設和創新人才、優秀團隊的科研活動，促進科技資源開放***享。整合形成的新五類科技計劃（專項、基金等）既有各自的支持重點和各具特色的管理方式；又彼此互為補充，通過統壹的國家科技管理平臺，建立跨計劃協調機制和評估監管機制，確保五類科技計劃（專項、基金等）形成整體，既聚焦重點，又避免交叉重復。
將按照上述五類新科技計劃體系對所有實行公開競爭方式的中央財政科技計劃（專項、基金等）進行優化整合，不包括哲學社會科學和對中央級科研機構、高等院校等實行穩定支持的專項。 本次科技計劃（專項、基金等）優化整合工作將按照整體設計、試點先行、逐步推進的原則開展，具體進度安排為：2014年，啟動國家科技管理平臺建設，對部分具備條件的科技計劃（專項、基金等）進行優化整合；啟動重點專項試點，按照新的管理體制和運行機制選擇5-10個重點專項進行試點，並在2015年財政預算中體現；同時，開展有關制度建設和基礎性工作，著手組建戰略咨詢與綜合評審委員會，開展科研信用體系建設和評審專家庫建設，初步建成中央財政科研項目數據庫和科技報告系統。
2015-2016年，基本建成公開統壹的國家科技管理平臺，基本完成各類科技計劃（專項、基金等）的優化整合，實現科技計劃（專項、基金等）安排和預算配置的統籌協調。初步完成國家重點研發計劃下設重點專項的布局，並據此編制發布2016年項目指南，按新機制組織2016年新立項目實施；同時，為確保管理改革與現有工作的有序銜接，在研項目（課題）可繼續按照現有科技計劃（專項、基金等）的經費渠道和管理方式組織實施。初步完成相關制度建設和基礎性工作，發布聯席會議議事規則、戰略咨詢與綜合評審委員會工作規則、專業機構遴選辦法、專業機構資質能力評價標準、科技計劃評估和監管機制工作方案、科技計劃重點專項設立規則和動態調整工作規則、有關科技計劃和資金管理辦法等，完善中央財政科研項目數據庫和科技報告系統。
2017年，經過三年的改革過渡期，全面按照優化整合後的五類科技計劃（專項、基金等）運行，現有各類科技計劃（專項、基金等）經費渠道將不再保留。同時，進壹步完善國家科技管理平臺建設，完善科技計劃（專項、基金等）和資金管理制度等各項科技管理制度，營造良好的創新環境。