壹、不同的適用範圍
預算會計適用於各級政府財政部門、各級行政單位和各類事業單位，適用對象明顯是非盈利性的，故又稱非營利組織會計。企業會計適用於以營利為目的從事生產經營活動的各類企業。
第二，會計基礎不同
在預算會計中，行政單位財務總預算和會計核算以收付實現制為基礎；事業單位會計根據單位實際情況分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計以權責發生制為基礎。
第三，會計要素的構成不同
預算會計要素分為五類:資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類:資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使是同名的會計要素，在預算會計和企業會計中也有很大區別。
第四，會計等式不同
預算會計的身份是:資產十支出=負債+凈資產十收入。企業會計的身份是:資產=負債=所有者權益。
五、預算會計的內容和方法是特殊的。
在預算會計中，固定資產壹般應對應固定資金，固定資產不計提折舊；對外投資壹般對應投資基金；實行專款專用的辦法；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；壹般沒有損益核算。
企業財務會計與預算會計的區別主要在三個方面:
1.會計主體的微觀本質
企業財務會計以企業為主體，會計內容只能是企業的經濟活動。凡是與企業經濟活動有關的、屬於對方的會計內容，都不應在企業中核算，這也是企業會計主體固有的定性規定；預算核算是圍繞整個國家預算的執行而組織的，既核算各種非物質生產部門的預算收支，又核算物質生產部門的經濟效益和上繳利稅。
2.會計流程的復雜性
企業財務會計的核算過程涉及到供應、生產、銷售三個過程，每個過程又涉及到收付兩個方面，核算過程復雜；而預算會計的核算過程只涉及預算收入和預算支出，沒有生產和銷售環節，核算過程相對簡單。
3.會計目的的盈利能力
企業財務會計的最終目標是通過會計核算使企業以最少的資本支出取得最大的經濟效益；預算會計的目的是反映預算收支政策的執行情況，而不是盈利。
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