(1)首次從牛組織和人HepG2細胞中分別克隆了DNA聚合酶的催化亞基和小亞基，並用計算機軟件進行了DNA和蛋白質序列分析。(2)通過轉錄因子AP-2a基因的敲除，以及敲除AP-2a基因後小鼠的表型分析，發現該基因是哺乳動物顱面發育的基本調控因子，是晶狀體囊泡早期形態發生所必需的。這壹成果發表在世界著名學術雜誌《自然》上，被國際同行引用220次。(3)在轉基因小鼠模型中觀察到AP-2a在乳腺中的大量表達可抑制乳腺的發育，並發現AP-2基因家族(AP-2a，β，γ)的相互作用可能在乳腺癌發生過程中起重要作用。(4)發現並克隆了PDI 1基因家族的3個基因，發現該基因家族具有抗細胞雕亡和促進肝切除後肝臟修復的作用。1991以來，張健在國外著名學術期刊上發表論文10余篇，全部被SCI收錄，被國際同行引用500余次。
目前，在湖南師範大學生命科學學院建立了基因敲除與轉基因動物先進實驗室，申報並主持了國家傑出青年科學基金、國家自然科學基金、教育部重點項目、湖南省教育廳、湖南省自然科學基金等多個項目，並參與國家863重大專項和壹般項目開展基因敲除與轉基因動物研究。負責“211工程”重點建設項目和“發育生物學與蛋白質化學及蛋白質制藥工程”子項目“蛋白質制藥工程”的建設。目前有20多名碩士生和博士生。