國家自然科學基金委員會通常根據項目申請書中列出的參考文獻對項目進行評價，但並不以參考文獻的完整性作為評價項目的主要標準。基金會在評審申請項目時，主要關註學術創新性、研究思路的合理性和實驗設計的可行性。
國家自然科學基金委員會在評審項目時會同時考慮很多因素，包括申請人的學術背景和研究能力，申請項目的實用性和應用前景等。