辦公室(外事辦公室)
協調政府事務和辦公室事務；負責文秘工作、信訪、保密和檔案工作；協調機關後勤管理工作；負責衛生新聞宣傳；負責機關及直屬單位的外事活動管理。
政策法規司
負責組織起草衛生地方性法規和省政府規章草案，承擔辦公廳規範性文件的合法性審查和法律備案工作；依法負責行政規劃的協調工作；負責全省衛生系統的行政執法監督、行政復議、行政訴訟、應訴和法律事務咨詢；負責衛生行政執法人員的培訓管理和衛生法制宣傳教育；指導衛生法制建設和宣傳工作。
規劃和財務辦公室
擬定全省衛生事業發展規劃；配合有關部門組織實施衛生服務價格工作；負責中央直屬部門的國有資產管理；負責省級衛生預算資金的管理；提出並組織實施衛生基本建設計劃；負責國內外衛生貸款項目；負責直屬單位的健康審核和健康信息統計。
食品安全綜合協調與衛生監督處
組織制定食品安全標準；承擔重大食品安全事故的組織調查工作；組織食品安全監測、風險評估和預警；組織實施食品安全檢驗機構認可的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息的發布工作；制定全省衛生監督政策和規劃；監督衛生法律、法規、技術規範和標準的實施；負責全省衛生執法檢查工作；按職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理；負責消毒產品、醫療服務和采供血的監督管理。
婦幼保健和社區保健處
擬定婦幼衛生和社區衛生的政策、規劃、規範並組織實施；指導實施城市初級衛生保健規劃；指導城市初級衛生服務體系改革；監督管理婦幼保健和社區衛生；組織實施婦幼衛生政策、措施和技術標準，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作。
醫政處(省醫療服務監督辦公室)
負責醫療機構、采供血機構、醫務人員和醫療技術應用相關政策、法規和標準的實施；組織對醫療質量、安全、服務和血液管理的評價和監督；提倡無償獻血；負責醫療機構城鄉對口支援、護理、康復、感染控制、檢驗科、臨床藥學、臨床重點專科和醫療急救體系的建設和管理；組織協調重大傷亡人員的醫療救治工作；推進醫療體制改革；組織協調醫療事故的處理。
省中醫藥管理局
貫徹中醫、中藥和中西醫結合的方針、政策；組織制定中醫藥發展規劃；組織實施醫療、保健、中醫、中醫護理、中西醫結合人員的技術職務評審標準和資格標準；指導和管理各級中醫醫療、保健、康復、科研、教育等機構，負責醫療、護理、臨床用藥、人才培養、科研開發等工作。指導和協調社區和農村中醫藥工作；負責中醫藥(醫學)重大科研課題的攻關和轉化。
疾病控制處
(省愛國衛生運動委員會辦公室、省地方病防治辦公室)。
負責全省疾病預防控制工作；研究制定重大疾病防治規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題幹預措施，組織衛生技術力量依法對重大傳染病、地方病進行綜合防治；有效控制疫情，防止疾病的發生和傳播；協調和指導健康教育；承擔愛國衛生運動委員會的日常工作。
科技教育司
負責起草醫學科技和醫學教育發展規劃；組織醫學科技研究、轉化、推廣和應用醫學科技成果的應用和實施；監督管理與人體健康相關的實驗室生物安全；審批人類輔助生殖技術和人類精子庫的管理，指導和協調衛生技術和衛生科學的普及工作；組織協調衛生專業技術崗位培訓，負責繼續醫學教育。
衛生處
組織實施省委和省委保健委員會制定的衛生工作方針、政策和規劃；負責省級保健對象、國家領導人和重要外賓在遼期間的醫療保健工作。
衛生應急辦公室
(突發公共衛生事件應急指揮中心)。
指導和協調全省衛生應急工作；組織制定衛生應急和緊急醫療救援預案、制度、方案和措施；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、救治與救援、分析與評估等衛生應急活動；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援。
農村衛生辦公室
負責組織實施農村衛生工作的方針政策；研究制定農村衛生發展規劃；監督和指導農村衛生服務和業務工作；管理全省新型農村合作醫療；指導全省農村衛生體系建設和鄉村醫生管理工作；協調農村健康教育和健康促進活動。
藥品設備部
負責國家建立的基本藥物制度的實施；制定全省基本藥物采購、配送和使用的政策措施，監督全省各級醫療機構基本藥物的使用；組織制定全省藥品和醫療器械耗材集中采購實施方案、管理辦法等相關政策；擬定藥品和醫療器械集中采購目錄；牽頭組織藥品和醫療器械集中采購，負責監督檢查中標結果和醫療機構履約情況；受理藥品和醫療器械集中采購活動中的投訴和舉報。
人事處
制定全省衛生人才發展規劃和政策並組織實施；承擔和指導機關及直屬單位的人事管理工作；承辦直屬單位領導班子和幹部的考核任用工作；配合有關部門組織實施西醫專業技術人員晉升的考試和考核。
離退休幹部處負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作。
成立紀檢組和監察室共同工作，負責紀律檢查和行政監察。