組織協調機關日常政務工作，建立健全機關內部管理制度；負責信息、秘書事務和重要會議；負責衛生、信訪、保密、文件檔案、辦公自動化、服務窗口和政務公開工作；負責對會議決定和領導批示的事項進行跟蹤督辦；負責組織辦理全國人民代表大會的意見、建議和議案，以及CPPCC提案的答復；負責機關財務、資產管理、行政管理和接待工作；負責機關的征兵和保衛工作。
總務處
負責起草年度工作計劃、半年度和年終總結、重要報告和領導講話；承擔重要文件的起草工作；綜合研究工業、商貿流通、信息化等領域的政策信息，協調組織各類專題調查研究；統籌管理對外宣傳、媒體采訪和信息披露與發布。
政策和法規科
貫徹執行國家、省、市的法律、法規和政策，起草有關工業、商貿流通和信息化的地方性法規草案；負責法律法規宣傳教育、執法人員培訓和執法證件管理，監督檢查有關法律法規的實施；負責規範性文件審查，綜合研究制定工業、商貿流通業、軟件業和信息服務業發展規劃；組織制定工業、商貿流通、軟件業和信息服務業的產業政策並監督實施；制定和修改產業結構調整規劃的相關內容；組織本部門行政執法責任制工作，承擔聽證、行政復議和行政訴訟工作。
經濟運行科
監測和分析工業、商貿流通業、軟件業和信息服務業運行情況，以及重大項目建設和投產情況，統計和發布相關信息，進行預測、預警和信息引導；研究提出近期工業、商貿流通業、軟件業和信息服務業的主要經濟預測指標，以及經濟運行調控方向，協調解決經濟運行中的重大問題；擬定重點發展大型企業集團和工商業龍頭企業的政策措施並組織實施；制定鼓勵總部經濟發展的政策措施並組織實施，承擔總部企業認定相關工作，動態監測分析總部企業和總部經濟發展趨勢，協調解決推動總部經濟發展的重大問題；負責重點企業、龍頭企業、總部企業的聯系和服務。
工業調整規劃科
承擔全市產業結構調整的相關工作，負責全市產業集群工作；擬訂全市產業轉移的政策措施，研究產業轉移的重大問題並提出政策建議；協調解決產業轉移工業園發展的相關問題；對各種經濟成分的企業實行宏觀管理和指導，規範企業行為；組織實施減輕企業負擔工作；監督管理全市典當業，審查典當行及其分支機構的設立申請，指導典當行行業協會。
電能部分
編制並實施近期電力生產和供應調控分配計劃；協調處理電力運行中的重大問題；提出電力、熱力價格政策意見，參與電價整頓、調整和改革；組織協調成品油、煤炭等能源保障工作；編制加油站和天然氣加氣站發展規劃並組織實施；負責全市汽車加氣站設立的審批和管理，依法審查成品油、煤炭經營單位的經營資質。
節能和循環經濟科
制定並組織實施節能、循環經濟、資源綜合利用、推進清潔生產和推廣應用天然氣、太陽能等新能源的政策、措施、規劃和計劃；組織實施節能技術改造和節能評估，牽頭協調以節能為主要內容的新產品、新技術、新設備的推廣應用；組織節能監督評估，推進循環經濟系統工程建設；組織協調環保產業和清潔生產發展，參與和協調企業環境保護；承擔市節能減排領導小組的相關工作。
行業司(市汽車工業辦公室、民用爆破器材行業辦公室、市行業協會管理辦公室)
組織管理鋼鐵、有色金屬、稀土、石化(不含煉油)、化工(不含煤炭燃料和燃料乙醇)、建材、通用機械、汽車、民用飛機、民用船舶、軌道交通機械制造、輕工、紡織、食品、醫藥、家用電器等行業，促進裝備制造業發展；研究產業發展中的重大問題，提出相關政策建議；引導工業新產品、新技術、新設備、新材料的推廣應用，促進重大技術裝備的消化創新；負責國防科技工業的綜合協調和管理；承擔國家下達的高技術項目、專項計劃和軍工科研生產任務實施的組織協調、監督檢查和保障服務；組織管理國防科技工業保密工作，監督指導國防科技工業國家安全工作；落實軍民兩用技術雙向轉移、軍民通用標準體系建設等國家軍民融合發展規劃，制定相關政策並組織實施，推進相關體制改革；開展與執行《化學武器公約》有關的工作；制定民用爆炸物品行業發展規劃和政策措施；承擔民用爆炸物品建設項目驗收、科技項目管理和產品質量監督，以及船舶(漁業船舶除外)建設質量和安全監督；承擔民用爆炸物品行業運行的監測和分析工作；指導工商商貿流通和信息技術領域企業加強安全生產管理，協調煙草行業生產和專賣管理，聯系和指導工商領域相關行業協會；承擔指導全市水泥工業的發展和改革。
貿易流通科
組織落實國家、省、市擴大內需的政策措施，組織實施“莞貿”工程；負責商貿服務業(包括批發、零售、物流、餐飲、住宿、家政)管理，推行連鎖經營、商業特許經營、統壹配送等現代流通模式，推進商貿流通體制改革；擬訂物流業發展規劃和政策並組織實施；組織編制和實施商業網點規劃，指導專業批發市場等大型商業設施的規劃和建設，推進社區商業和農村流通體系建設；制定工貿結合的政策措施，促進服務業和制造業融合發展；負責監測商貿流通業和重要商品市場運行情況，調控商品市場供應，組織協調重要消費品應急儲備和供應；承擔繭絲綢生產流通的協調工作；承擔粵港澳服務業合作的相關工作。
市場管理組
擬訂完善和規範商品市場體系的政策措施，負責協調整頓和規範市場經濟秩序；承擔市場秩序現狀的調查研究，配合有關部門開展市場專項整治工作；推進商務領域信用建設，搭建市場誠信服務平臺；指導和管理再生資源回收，承擔酒類流通和生豬屠宰行業的監督管理，依法發放酒類批發和零售許可證；依法監督管理拍賣、租賃、汽車流通和舊貨流通。
技術進步和質量科
編制並實施企業技術創新、引進技術消化吸收、關鍵技術開發、工業設計、重大技術開發等專項；編制市技術創新體系建設各類扶持資金和名牌獎勵資金的使用計劃；組織重大產業化示範項目；組織協調工商企業推廣現代工業應用技術；負責企業技術創新體系和運行機制的建設和宏觀管理，指導和協調企業技術中心建設、新產品新技術開發、工業試驗、重大裝備項目開發和重點項目招標，指導企業開展技術創新；引導和推動產學研聯合和高技術產業化；負責技術進步和質量管理的組織協調；負責全市品牌驅動戰略的實施，參與技術壁壘的研究和應對；組織制定行業技術規範和標準，指導企業質量管理；貫徹國家、省、市產業政策、固定資產投資政策和產業結構調整規劃；擬訂企業技術改造、設備技術引進和重大設備國產化的政策措施；組織編制和實施工業、商貿流通和信息化領域企業國家和省重點技術改造投資計劃，審核和上報國家和省需要審批、核準和備案的相關領域技術改造投資項目；編制市級技術改造資金使用計劃並組織實施；對相關領域企業技術改造的投資措施提出意見；引導企業運用先進適用技術改造提升傳統產業；協助企業引進資金和技術實施技術改造；組織企業開展國內外技術合作與交流；指導相關領域技術改造項目的設備招標；參與工業、商貿流通和信息化領域固定資產投資項目的審核和申報。
經貿合作與展覽科
制定全市會展業發展規劃並組織實施，負責全市會展業的監督管理；承擔重大展會的指導和協調工作，指導工業、商貿流通、信息化等領域的會展企業開展與國內外會展業的合作與交流；指導工業、商貿流通和信息技術領域的企業開拓國內市場，組織國內經濟技術合作與交流；引導工業、商貿流通和信息化領域的企業開展國際化經營、對外投資和經濟技術合作與交流；協調解決經濟合作承包項目進展中的重大問題。
電子信息產業科
承擔電子信息產品制造業的行業管理，協調解決行業發展中的相關問題；組織實施重大電子信息工程，協調重大工程項目所需的配套設備、元器件、儀器和材料的國產化，促進電子信息技術的推廣應用；會同有關部門組織實施電子信息新興產業發展規劃。
軟件和信息服務科
承擔“雙軟認定”工作，指導軟件產業和信息服務業發展，制定並組織實施軟件、系統集成和服務的技術規劃和標準；協調推進信息安全等級保護等基礎工作，承擔信息安全應急和數字認證相關工作；推進軟件服務體系建設，促進軟件技術研發和應用，引導和支持創意產業園發展，推進軟件服務外包，引導和協調信息安全技術發展。
信息化促進科
推進信息技術和互聯網的普及應用，指導和協調電子商務發展，
促進信息技術在社會和經濟領域的應用；引導和推動信息化與工業化融合，推廣信息化領域新技術、新標準，協助推進國家和省重點信息化工程；推進政府信息和相關重要信息資源的開發利用，協調信息安全體系建設；負責企業信用信息的收集、管理和發布；指導協調相關部門推進無線城市建設；承擔市信息化領導小組的日常工作。
無線電管理科(市無線電管理處)
負責無線電頻率的規劃、分配和指配，依法監督管理無線電臺，協調處理軍地之間的無線電管理事宜；承擔無線電監測、探測和幹擾調查，協調處理電磁幹擾，維護空中電波秩序；組織實施信息網絡設施建設的規劃和管理，依法組織實施無線電管制，協調通信管道、站點和公共通信網絡的規劃；促進面向社會服務的信息網絡資源共享和互聯互通。
人事培訓科
負責組織人事、機構編制、勞動保險、老幹部、職稱、黨務、工會、青年、婦女、計劃生育和精神文明創建工作；負責機關和歸口單位出境人員的資格審查；負責機關及直屬單位人員的教育培訓工作。
商業執法科
承擔全市生豬屠宰、酒類專賣、成品油、二手車、廢品回收、拍賣、典當和市經濟和信息化局職能範圍內的其他行政執法工作。
工作，受理和處理工業、貿易和信息領域的投訴。