學術研究院下屬研究中心的研究領域已經覆蓋除中東、大洋洲和非洲以外的世界所有國家和地區，擁有研究中心/研究室13個：美國研究中心、日本研究中心、韓國/朝鮮研究中心、俄羅斯中亞研究中心、上海合作組織研究中心、歐洲問題研究中心、北歐中心、拉丁美洲研究室、聯合國與國際組織研究中心、中國外交研究中心以及南亞研究中心、巴基斯坦研究中心、歐洲問題研究中心政治部。其中還包括關於美國研究的教育部人文社會科學重點研究基地（小基地）和國家哲學社會科學創新基地（大基地）。
美國研究中心
美國研究中心是國際問題研究院的核心部分，成立於1985年。它是我國最早建立的專門從事美國研究的主要機構之壹，也是我國高校第壹個專門從事美國研究的機構。
中心於2000年被批準為國家教育部普通高等學校人文社會科學重點研究基地，2006年中心又被批準為美國研究國家哲學社會科學創新基地。教育部和復旦大學對中心的科研工作提供資助，中心還通過設在美國首都華盛頓的復旦基金會(The Fudan Foundation)得到美國國際開發署所屬的美國海外學校和醫院項目的贊助。
美國研究中心在中美關系、防擴散與軍備控制、美國國會等領域的研究和國際合作，已取得國內外學術和政策界的肯定。
復旦基金會設有“謝希德獎學金”，以紀念謝希德教授對中美關系所作出的傑出努力。該中心出版的《美國問題研究》叢書，已被列入CSSCI來源期刊。
已故復旦大學校長謝希德教授曾擔任該中心首任主任，第二屆主任為倪世雄教授，現任主任為沈丁立教授，吳心伯教授和信強副教授擔任中心的副主任。
日本研究中心
日本研究中心成立於1990年7月。其宗旨是以中日關系為主線，以經濟為重點，全面開展對日本的政治、經濟和社會、文化的研究和交流，並帶動對東亞的研究和交流。
中心長期得到日本國際交流基金、日本駐上海總領事館、日本衛材株式會社、日本萬國博覽會紀念協會、日本有關專家學者以及國內各大學、研究機構的大力支持。從1991年起，日本國際交流基金把中心作為據點機構予以重點資助。
中心現任主任郭定平教授，中心目前有專職人員11名，校內外兼職研究員百余名，並聘請多名日本、美國、韓國和新加坡等國家的國外著名學者、實業家擔任顧問教授。
韓國研究中心
韓國研究中心成立於1992年10月，中心現任主任石源華教授，現有專職研究人員6人，兼職研究人員30余人。中心的研究工作在海內外產生了相當的影響，得到了韓國國際交流財團、學術振興財團、日本國際交流基金等資助。
中心出版《韓國研究論叢》，2006年入選教育部CSSCI來源集刊。中心圖書館現有韓國朝鮮學研究方面的專業書籍近萬冊，是國內韓國朝鮮學研究方面具有較大影響的專門圖書館。
中亞研究中心
俄羅斯中亞研究中心成立於2005年，現任主任為趙華勝教授，副主任為楊心宇教授、唐朱昌教授，目前***有研究人員10名。
中心主要研究方向有：俄羅斯中亞政治和外交、中俄關系，中國中亞外交、上海合作組織、轉型經濟、俄羅斯法律等。
上合組織研究中心
上海合作組織研究中心成立於2005年，是目前國內教育部直屬的惟壹壹家上海合作組織研究中心，承擔與上海合作組織有關的課題，組織相關研究。中心現任主任為趙華勝教授。俄羅斯中亞研究中心、上海合作組織研究中心兩者各有側重、互為補充。
歐洲問題研究中心
歐洲問題研究中心於1993年正式建立。1996年10月，為實施“中歐高教合作項目”，根據教育部要求進行改組。該中心著重組織和開展對歐盟與歐洲壹體化的經濟、政治、法律、社會文化及內外關系等方面的研究與教學，逐步建成為歐洲問題的研究基地、教學基地、學術交流基地與信息資料基地。
中心現任常務副主任為丁純教授，副主任為陳誌敏、胡榮花教授。下設綜合、經濟、政治、法律、社會與文化6個研究室，集合校內各學科研究人員30余人。中心特聘教授梅兆榮大使任主席並主持“大使論壇”，戴炳然、伍貽康、燕爽教授任副主席。
歐洲中心政治部
歐洲問題研究中心政治部成立於2006年，現有專職在編人員3員，現任主任為陳誌敏教授。歐洲問題研究中心政治部與復旦大學歐洲問題研究中心為兄弟單位，與中心其他成員進行合作，舉行會議和開展課題研究等。同時，它和復旦大學國際關系與公***事務學院進行壹定程度的合作，如積極參與其部分教學工作。歐洲問題研究中心政治部主要研究與歐盟（歐洲）政治有關的問題，包括歐洲內部政治與社會問題、歐盟外交與安全問題及歐洲政治文化問題等。
北歐中心
北歐中心成立於1995年，是由復旦大學、北歐亞洲研究所和丹麥、芬蘭、挪威、瑞典和冰島25所大學合辦的壹個合作平臺，是中國與北歐學者、學生交流與合作的紐帶。
北歐中心的活動主要包括：1）為中國和北歐的學者就雙方***同感興趣的主題組織培訓、研討會、學術會議；2）為從事北歐研究的中國學者和學生和從事中國研究的北歐學者和學生提供教學；3）為北歐商業團體組織安排在上海的活動和課程。
現任董事會、理事會主席由芬蘭坦培雷大學校長Krista Varantola女士擔任。復旦大學外事處處長陳寅章教授自1995年北歐中心成立以來壹直擔任中心的常務主任。
中國外交研究中心
中國外交研究中心成立於2007年6月14日。中心主任由國際問題研究院副院長任曉教授兼任。中心現有專職研究人員3名，兼職研究員5名。中國外交研究中心主要從事中國當代外交的理論與實踐研究。中心的主要活動包括：主辦“外交官駐所研究”項目；參與舉辦“大使論壇”；邀請國內外相關人士舉辦學術講座；組織召開學術會議以促進學術交流。中心並出刊中國外交研究工作論文系列。
國際組織研究中心
聯合國與國際組織研究中心成立於2007年6月14日。聯合國前副秘書長、中國聯合國協會會長陳健大使擔任中心主任，張貴洪教授擔任中心執行主任。
中心的主要研究方向包括國際組織與國際安全、聯合國維和行動、聯合國與中美關系等。
中心設有復旦“聯合國研究論壇”（FUNS），邀請聯合國官員和學者不定期來中心演講。中心招收國際組織研究方向的博士生和碩士生。
南亞研究中心
南亞研究中心於2007年6月成立，杜幼康教授擔任主任。中心現有專職研究人員2人，並聘請多名校內外南亞問題專家為特邀研究員。中心的主要研究方向是：冷戰結束後的南亞政治、經濟、外交和安全問題，美國對南亞的政策，中國與南亞國家的關系等。
巴基斯坦研究中心
巴基斯坦研究中心成立於2009年10月，由巴基斯坦政府與復旦大學合辦，並得到巴基斯坦政府資助，旨在促進中巴高層次學術交流與合作。
拉丁美洲研究室
拉丁美洲研究室於1964年2月成立，先設於歷史系，2001年11月並入新成立的國際問題研究院。現有專職研究人員1名，兼職研究員5名，外籍客座研究員1名。現任主任為朱鴻博博士。主要研究方向為：拉美國際關系，拉美政治，中拉關系，美拉關系，拉美近現代歷史等。拉美研究室先後出版譯著21部；專著6部；合作編寫辭書、年鑒等7種。