交替氧化酶催化泛醇氧化,同時將分子氧還原成水。這防止了由於線粒體復合體羅馬數字3的電子泄漏而形成o–的現象(莫勒，2001年).因此,線粒體交替氧化酶可以被視為抗氧化系統的壹個組成部分。

植物中替代氧化酶基因的表達水平已顯示在各種性質的不利因素的影響下增加,包括極端溫度(塞爾等人,2011)。